Trong những năm sau này, CIA có quan hệ chặt chẽ trở lại với cơ quan tình báo của Đại tá Gaddafi nhằm tìm kiếm thông tin về những chiến dịch của Al-Qaeda ở khu vực Bắc Phi. Cuộc chiến hiện nay của liên quân Mỹ Anh - Pháp đã tác động xấu đến mối quan hệ được xem là nồng ấm giữa cộng đồng tình báo Mỹ và những chính quyền của thế giới Arập.
Giới quan chức cao cấp của Mỹ nhận định sự ràng buộc chặt chẽ của CIA với chính quyền Libya mang đến nhiều điều lợi cho nước Mỹ - như là, xóa bỏ được chương trình vũ khí hạt nhân mới hình thành của Đại tá Gaddafi, đồng thời có điều kiện hợp tác săn lùng những mạng lưới khủng bố.
Nhưng Dennis C. Blair, cựu Giám đốc Tình báo Quốc gia Mỹ dưới chính quyền Obama, nói trong khi các cơ quan tình báo ở những nơi như Libya và Ai Cập sẵn sàng hợp tác với Mỹ chống Al-Qaeda, thì họ lại ngấm ngầm bất đồng ý kiến với nhau. Quyền lợi của Mỹ có vẻ như bị ảnh hưởng rõ nhất là vào năm 2009, khi mà báo cáo nhân quyền của Bộ Ngoại giao Mỹ trở thành một "bản tóm tắt" kinh khủng về những vụ người mất tích và tra tấn ở Libya.
Tuy nhiên, trong nhiều tháng trước đó, một điện thư ngoại giao được WikiLeaks tiết lộ đã gọi chính quyền Đại tá Gaddafi là "người bạn đồng hành hết sức thân thiết trong cuộc chiến chống khủng bố" đồng thời tuyên bố mối quan hệ (của CIA) với tình báo Libya là "tuyệt vời"!
Người phát ngôn của CIA từ chối bình luận về sự ràng buộc của cơ quan tình báo này với các cơ quan tình báo hải ngoại. Nhưng Michael Scheuer - nhân vật đã trải qua hai thập niên làm việc cho các chiến dịch chống khủng bố ở CIA - nói sẽ là lố bịch nếu tin rằng, mọi điệp vụ được hoàn thành mà không cần đến sự giúp sức của những đồng minh không mấy dễ chịu (trong thế giới Arập). Nhưng một số cựu điệp viên của CIA tin rằng, sự giúp đỡ của chính quyền Libya trong cuộc chiến chống khủng bố là quá phóng đại.
Vincent Cannistraro, cựu lãnh đạo trạm CIA ở Libya cho biết, Đại tá Gaddafi thường ra sức chụp mũ những đối thủ chính trị của ông là phần tử khủng bố, và CIA đã "bị lừa gạt" một cách trắng trợn để cùng hợp tác bởi vì CIA khát thông tin tình báo về những chiến binh Hồi giáo tiềm tàng.
Một câu chuyện cảnh cáo về mối quan hệ của Mỹ với hai quốc gia Ai Cập và Libya là vụ án Ibn al-Shaikh al-Libi, người Libya huấn luyện cho phiến quân Al-Qaeda bị bắt ở Pakistan năm 2001 và chuyển giao cho Ai Cập. Al-Libi tuyên bố anh ta biết sự giao du giữa Al-Qaeda và Saddam Hussein, cũng như việc anh ta bị nhân viên tình báo Ai Cập tra tấn như thế nào. Sau khi được Ai Cập trả về cho Libya, Al-Libi bị giam và treo cổ chết năm 2009 trong nhà tù Libya
Mỹ cho rút đại sứ của mình khỏi Libya năm 1972 - tức 3 năm sau khi Đại tá Gaddafi và nhóm sĩ quan trẻ của ông ta nắm quyền lực ở nước này - và đóng cửa sứ quán ở Tripoli năm 1979 sau khi tòa nhà bị nhiều người bắn vào. Các điệp viên Mỹ và Libya rõ ràng đã không tiếp xúc với nhau trong suốt hai thập niên cho đến năm 1999, khi CIA bắt đầu có hàng loạt những cuộc gặp mặt bí mật với điệp viên Libya ở châu Âu để thu thập thông tin về những mạng lưới khủng bố Hồi giáo đang hoạt động ở Bắc Phi.
Trong cuốn tự truyện xuất bản năm 1997, cựu Giám đốc CIA George J. Tenet miêu tả những cuộc gặp mặt đầy lúng túng với Moussa Koussa, lãnh đạo tình báo Libya, là "bức tranh minh họa về thế giới kỳ quái mà trong đó chúng ta phải làm việc", vì lúc đó điệp viên CIA phải trao đổi những nhận xét hài hước với người đàn ông mà họ tin là kẻ chủ mưu vụ đánh bom chuyến bay Pan Am cùng với những âm mưu khủng bố khác.
Tuy nhiên, Tenet cũng đánh giá sự lắng dịu trong quan hệ với Libya là một trong những thành công lớn của ông khi đang lãnh đạo CIA, từ đó dẫn đến sự bắt tay giữa hai cơ quan tình báo để chống lại Al-Qaeda và chấm dứt chương trình vũ khí hạt nhân đầy nguy hiểm của Libya.
Paul R. Pillar, chuyên gia hàng đầu về Trung Đông của Hội đồng Tình báo Quốc gia Mỹ từ năm 2000 đến 2005 và thành viên của nhóm thương lượng với người Libya về chương trình hạt nhân của họ cho biết, chống khủng bố là một trong những "dạng lâu bền nhất của sự hợp tác tình báo".
Tuy nhiên, một chuyên gia cố vấn khác về Trung Đông của CIA lại nêu ra mâu thuẫn trong sự hợp tác chống khủng bố của CIA với tình báo Libya không thể giúp giới quan chức Mỹ nhìn thấu vào trong chính quyền Gaddafi. Chuyên gia giấu tên này nói: "Tôi cho rằng CIA đã gặp khó khăn trong việc thu thập thông tin tình báo về Libya".
Cũng theo chuyên gia này, việc phát triển những sự tiếp xúc độc lập trong xã hội Libya rõ ràng là điều không thể thực hiện được. Một phần do quan chức Mỹ mỗi khi rời sứ quán thường luôn có nhiều xe an ninh của người Libya đi kèm, và quan chức Libya giải thích họ phải làm như thế để bảo vệ người Mỹ