Năm 1981, Nguyễn Hữu Hanh quyết định về hưu sớm để hoạt động trong lĩnh vực tư nhân. Ông thành lập công ty kinh doanh dầu hỏa rồi công ty tư vấn xây dựng, tư vấn tài chính...
Xã hội miền Nam Việt Nam từ năm 1963 đến 1965 trải qua những cơn khủng hoảng chính trị do những cuộc đảo chính diễn ra liên miên, ảnh hưởng rất lớn đến nền kinh tế tài chính. Với cương vị Cố vấn kinh tế tài chính cho chính quyền Nguyễn Văn Thiệu, Nguyễn Hữu Hanh đã sắp xếp, tổ chức lại các hoạt động kinh tế.
Qua sự khôn khéo trong thương thuyết, Nguyễn Hữu Hanh đã giúp Ngô Đình Diệm thu hồi được hơn 33 tấn vàng bị quân Pháp mang theo khi rút quân về nước năm 1955. Trở thành "người hùng" của Ngô Đình Diệm nhưng Nguyễn Hữu Hanh lại là cái gai trong mắt của vợ chồng cố vấn Ngô Đình Nhu. Ông lại là người cương quyết từ chối những đề nghị "giúp đỡ" của Ngô Đình Thục, ngay cả khi có sự can thiệp của Tổng thống Ngô Đình Diệm.
Nguyễn Hữu Hanh là người từng nắm giữ các chức vụ quan trọng nhất về kinh tế dưới thời Việt Nam Cộng hòa (VNCH): Phó giám đốc Sở Tín dụng Ngân hàng Trung ương 3 nước Đông Dương, Tổng giám đốc Ngân hàng Quốc gia VNCH, Cố vấn kinh tế tài chính cho Tổng thống Ngô Đình Diệm, Tổng ủy viên Kinh tế Tài chính, phụ trách 4 Bộ: Tài chính, Kinh tế, Thương mại và Kỹ nghệ…