Tại buổi lễ bàn giao, bác sĩ Lê Khắc Quyến, Khoa trưởng Đại học Y khoa Huế đã đứng dậy phản đối và tuyên bố từ chức. Hưởng ứng thái độ quyết liệt của bác sĩ Lê Khắc Quyến, khoa trưởng các trường Luật khoa, Khoa học, Văn khoa, Sư phạm, toàn thể giáo sư Đại học Huế, Viện Hán học đều đồng loạt từ chức, sinh viên Huế bãi khóa nghỉ học.
Nhắc đến sự kiện này, nhà văn, nhà nghiên cứu Nguyễn Đắc Xuân - một chứng nhân lịch sử trong thời kỳ này, hiện đang sống tại Huế nhớ lại: Ngay đầu buổi chiều ngày 17/8/1963, không rõ qua kênh thông tin nào mà có chừng 500 sinh viên Đại học Huế tự động họp mặt tại giảng đường C Đại học Khoa học để tỏ thái độ với chính phủ của Ngô Đình Diệm đã cách chức linh mục Luận. Từ sau vụ đàn áp ở Đài Phát thanh Huế tối 8/5/1963 cho đến ngày 17/8/1963, lần đầu tiên mới có một cuộc họp mặt sinh viên Đại học Huế như thế. Vào lúc 2h chiều, chúng tôi sắp hàng làm một cuộc tuần hành dọc theo đường Lê Lợi vòng qua đường Lê Thánh Tôn (nay là đường Hà Nội) đến tư thất linh mục Luận (nay là trụ sở của Ủy ban Mặt trận Tổ quốc Việt
Đi đầu đoàn tuần hành có hai sinh viên khiêng tấm bảng cáctông idôren với dòng biểu ngữ viết vội đại ý xin trả lại chức vụ Viện trưởng Đại học Huế cho linh mục Cao Văn Luận. Đến nơi, thấy tư thất của linh mục Luận cửa đóng then cài, chúng tôi đi quanh nhà thì gặp thầy Nguyễn Hữu Trí (Đại học Sư phạm). Thầy Trí cho biết rằng, Viện trưởng đã đi vào Đà Nẵng bằng ôtô cách đó vài phút. Không gặp được linh mục Viện trưởng, chúng tôi đứng ngay trên thềm nhà, nhân danh toàn thể sinh viên Đại học Huế thảo một kiến nghị gửi cho Tổng thống Diệm. Bản kiến nghị ấy sau này đăng trên tạp chí Nhận thức số 3 năm 1964 có nội dung như sau:
"Chúng tôi, toàn thể sinh viên thuộc các phân khoa Viện Đại học Huế, họp tại Trường đại học Khoa học lúc 14h ngày 178/1963.
1. Xét rằng sự tự trị của nền đại học là điều kiện cần thiết để đào luyện những lớp trí thức chân chính phục vụ cho nền văn hóa dân tộc;
2. Xét rằng sự thay đổi đột ngột chức vị Viện trưởng đã gây một sự xúc động lớn lao trong toàn thể giáo sư và sinh viên thuộc Viện Đại học Huế;
3. Xét rằng sự xúc động lớn lao này sẽ đưa đến nhiều hậu quả tai hại cho nền giáo dục quốc gia;
4. Xét rằng linh mục Viện trưởng là người đã sáng lập ra Viện Đại học Huế và sự có mặt của linh mục Viện trưởng cũng như quý vị giáo sư là sự thiết yếu cho sự sống còn của Viện Đại học Huế;
5. Xét rằng sự tự do tư tưởng và công bằng xã hội là lý tưởng của nền giáo dục nhân bản.
Chúng tôi đại diện toàn thể sinh viên thuộc các phân khoa Đại học Huế ký tên dưới đây đồng kiến nghị và Quyết định:
1. Yêu cầu Tổng thống thâu hồi lệnh bãi chức Viện trưởng của linh mục Cao Văn Luận;
2. Yêu cầu Tổng thống và Bộ trưởng Quốc gia giáo dục tìm mọi phương sách để quý vị khoa trưởng và giáo sư đã từ chức để phản đối lệnh bãi chức trên đảm nhận lại chức vụ của mình;
3. Quyết định bãi khóa từ ngày hôm nay cho đến khi nào những nguyện vọng trên được thỏa mãn.
Đồng ký tên: Toàn thể sinh viên các phân khoa Đại học Huế: Y khoa, Sư phạm, Văn khoa, Khoa học, Luật khoa, Viện Hán học Huế."
Cuộc bãi khóa đầu tiên của sinh viên Huế diễn ra từ ngày 17/8/1963. Chỉ sau đó 3 ngày, đến khuya ngày 20/8, Ngô Đình Nhu thực hiện "Kế hoạch nước lũ" bắt toàn bộ những người đấu tranh trên toàn cõi miền Nam vào tù và dĩ nhiên tất cả những người được nêu tên trong các Tuyên ngôn, Tuyên cáo, Kiến nghị đã gửi cho chính quyền Diệm đều bị xem là mang trọng tội.
Ông Nguyễn Đắc Xuân kể tiếp về "kế hoạch nước lũ" của Ngô Đình Nhu: Đêm 20/8/1963, biện pháp giới nghiêm bỗng dưng thắt chặt hơn bao giờ hết. Điện nước đều bị cắt. Đến khuya nghe chuông trống phía chùa Từ Đàm gióng lên hối hả, nhưng do mất liên lạc nên chúng tôi không biết chuyện gì đang xảy ra. Hòa thượng Thích Đôn Hậu, phụ trách lãnh đạo công việc đấu tranh tại chùa Diệu Đế, không ngủ được. Hòa thượng ngồi niệm Phật một cách bình thản. Nhờ thế chúng tôi cũng đỡ lo lắng.
Tờ mờ sáng 21/8, các bạn canh gác xung quanh chùa vào báo với Hòa thượng: "Cảnh sát dã chiến súng cắm lưỡi lê tuốt trần, hình như họ đang chờ lệnh tấn công chùa". Chúng tôi chạy ra xem thấy đúng như thế. Tôi vào mở máy nổ và mở máy phóng thanh cho Hòa thượng nói chuyện với lực lượng của Diệm đang bao vây chùa. Hòa thượng nói đại ý: "Chúng tôi là phật tử, đấu tranh cho sự công bằng tôn giáo, bình đẳng xã hội bằng phương pháp bất bạo động. Có lẽ trong các bạn cũng có nhiều người theo đạo Phật biết thế nào là tinh thần từ bi của Đức Phật. Các bạn không nên dùng súng đạn lưỡi lê của bạo lực để đối phó với những người tay không. Khi nào những nguyện vọng của chúng tôi được chính phủ thỏa mãn là chúng tôi giải tán ngay không phải nhọc sức các bạn".
Không rõ lời kêu gọi của Hòa thượng có tác dụng gì không đối với đám lính cảnh sát dã chiến, mà suốt buổi sáng 21/8 họ không hành động gì ngoài việc vây chặt khuôn viên chùa Diệu Đế. Chúng tôi tưởng chỉ bị bao vây "nội bất xuất, ngoại bất nhập" như những lần trước đã xảy ra tại chùa Từ Đàm, nên ăn trưa xong chúng tôi ngả lưng trước bàn thờ Phật nghỉ.
Không ngờ đến khoảng 12h30', có tiếng phá cửa ầm ầm và tiếng giày của lính nhảy qua thành côm cốp cùng với tiếng mở quy-lát súng lắc cắc. Tôi chạy ra thì thấy tất cả lực lượng sinh viên học sinh và gia đình phật tử canh gác cửa chùa đều bị bắt. Hàng trăm tên lính mặt mày đằng đằng sát khí sắp hàng ngang tiến vào điện Phật. Một tốp chiếm lấy các giàn hỏa chất bằng củi và giữ chặt mấy phuy xăng giữa sân chùa. Hòa thượng Thích Đôn Hậu vẫn ngồi trước điện Phật. Người giữ tôi ngồi bên cạnh để tránh những hành vi vi phạm tinh thần bất bạo động.
Chúng đạp cửa và tiến vào trong điện Phật, giơ cao báng súng xáng lên người Hòa thượng. Bản năng tự vệ khiến tôi... chui ngay xuống án thờ Phật. Chúng đá đổ bàn thờ Phật thiết lập từ thời Vua Thiệu Trị và lôi tôi ra đánh đập túi bụi. Hòa thượng Thích Đôn Hậu nói lớn: "Các người cứ giết tôi đi, đừng đánh đập phật tử vô tội của tôi!". Những tên lính hành động như những cái máy không hồn. Chúng đập phá hết máy nổ, máy in ronéo, phương tiện phát thanh, tịch thu hết truyền đơn, báo chí, khẩu hiệu tranh đấu. Phá phách xong, chúng bắt Hòa thượng và hàng trăm tăng ni, sinh viên học sinh, gia đình phật tử chở đầy hàng chục xe nhà binh.
Đoàn xe chạy dọc đường Bạch Đằng, qua cầu Gia Hội rồi diễu qua đường Trần Hưng Đạo. Đồng bào hé cửa nhìn ra chắp tay cúi lạy Hòa thượng Thích Đôn Hậu đang đứng bình tĩnh trên xe nhà binh. Tôi nghĩ một cách thơ ngây: "Không biết chùa Từ Đàm lúc này có biết chúng tôi ở chùa Diệu Đế đang bị bách hại như thế này không?". Đến khi đoàn xe rẽ vào hội trường Nha Công an Trung phần tại đường Trần Cao Vân, thấy hàng ngàn bạn bè tôi ở chùa Từ Đàm bị thương, đầu mình băng bó máu me thấm đỏ, tôi mới vỡ lẽ: chùa Từ Đàm đã bị tấn công trước chùa Diệu Đế. Và lực lượng ở chùa Từ Đàm đã đánh trả một cách quyết liệt nên bị chúng đánh đập rất dữ dội.
Suốt cả tuần lễ sau ngày 21/8/1963, chính quyền Diệm rải mật vụ đi lùng bắt những người bị tình nghi đang kẹt ở gia đình như anh em Hoàng Phủ Ngọc Tường, Hoàng Phủ Ngọc Phan, Trần Quang Long...
Trong suốt 3 năm tham gia tranh đấu từ 1963 đến 1966, ông Nguyễn Đắc Xuân kể rằng: Ông chỉ thuần túy là một sinh viên phật tử, là Đoàn phó Đoàn sinh viên phật tử từ giữa năm 1964 đến giữa năm 1966, rồi được bầu làm Đoàn trưởng Đoàn sinh viên Quyết tử từ ngày 5/4/1966 đến tháng 7/1966. Sau khi bị lùng bắt ráo riết, Nguyễn Đắc Xuân đã phải cởi bỏ áo quần sinh viên Quyết tử, khoác vào mình bộ cà sa.
Ông Xuân kể tiếp: Thầy Trí Quang (Hòa thượng Thích Trí Quang-NV) cho người về chùa Diệu Đế bảo tôi phải lên chùa Từ Đàm ngay, nếu không sẽ bị bắt và khó thoát được. Hai bạn sinh viên là Cao Hữu Điền và Phạm Văn Rơ đạp xe theo "hộ tống" tôi từ chùa Diệu Đế lên chùa Từ Đàm. Ở chùa Từ Đàm được mấy hôm thì tỉnh trưởng Phan Văn Khoa (theo phe Thiệu - Kỳ) xông vào chùa bắt tôi. Nhưng nhờ thầy Trí Quang can thiệp nên tôi thoát được. Thầy gửi tôi vào chùa Kim Tiên của thầy Chánh Trực. Ở chùa Kim Tiên cũng bị lộ, nên tôi chuyển qua ở chùa Tường Vân của Ôn Tăng Thống Thích Tịnh Khiết. Tại chùa Tường Vân, thầy Thích Chơn Tế xuống tóc cho tôi và tôi lấy pháp hiệu là Thích Trí Minh. Ở đó một thời gian rồi tôi cũng có lần phải đối mặt với quân của Thiệu-Kỳ khi chúng vào chùa Tường Vân lùng bắt tôi. Thật may là những toán lính lùng sục hôm đó chỉ toàn là bọn mới đưa từ Sài Gòn ra nên chúng không nhận diện được tôi.
Thấy nguy hiểm, các thầy đưa tôi đến trốn ở đình làng Dương Xuân, nửa đêm các thầy cho người ra đình đưa tôi xuống trốn trong nhà của thầy Thích Chơn Các ở một thôn hẻo lánh cách chùa Tường Vân chừng 500m. Ở nhà thầy Thích Chơn Các, ban ngày tôi phải trốn trong phòng kín, ban đêm mới dám ra để ngồi ngắm trời đất. Bỗng một đêm đầu tháng 7/1966 có một người lạ được sự đồng ý của gia đình thầy Thích Chơn Các đến thăm tôi. Qua câu chuyện làm quen, người ấy tỏ ra biết hết mọi khó khăn của tôi vừa trải qua. Cuối cùng người ấy lấy trong người ra một cây bút máy và rút trong ruột ra một lá thư cuộn tròn như điếu thuốc viết trên giấy pơ-luya trắng đưa cho tôi và bảo rằng "có một người bạn của anh gửi cho anh lá thư! Anh đọc và trả lời cho bạn anh ngay".
Giữa lúc đang buồn, nghe có thư của bạn, tôi mừng vui khôn xiết. Tôi mở thư ra đọc thì biết đó là thư của anh Hoàng Phủ Ngọc Tường. Bây giờ tôi không nhớ cụ thể nội dung lá thư nhưng đại ý anh Tường cho biết sau khi bị truy nã, anh Tường và Phan đã thoát ly ra chiến khu. Anh biết hết tất cả những khó khăn của tôi trong thời gian qua, nên anh mời tôi ra chiến khu nghỉ một thời gian lấy lại sức rồi sẽ trở lại tranh đấu tiếp.
Tôi vốn có cảm tình với Mặt trận Giải phóng và có lần đã định thoát ly nhưng chưa gặp được người của Cách mạng nên chưa đi. Bây giờ qua anh Tường thì tôi thấy đây là một cơ hội tốt. Tôi nhờ người đưa thư báo cho anh Tường biết là tôi sẽ đi. Mấy hôm sau, vào một buổi chiều cuối tháng 7/1966, anh Ngữ ở gần nhà thầy Thích Chơn Các đưa tôi đi. Đến khuya thì có hai liên lạc từ trên rừng xuống đón, rồi đưa tôi vượt qua sông Hương để đi đến làng Hải Cát, đi miết đến bìa rừng thì có một cán bộ ra đón để đưa tôi về căn cứ gặp bạn tôi là anh Hoàng Phủ Ngọc Tường.
Đối với trường hợp thoát ly của hai ông Hoàng Phủ Ngọc Tường và Hoàng Phủ Ngọc Phan thì chúng tôi được ông Phan kể lại rằng: Những ngày đấu tranh của mùa hè năm 1966, phong trào bị đàn áp rất dữ dội. Quân đội của Nguyễn Cao Kỳ và tướng cảnh sát khét tiếng ác ôn Nguyễn Ngọc Loan đã làm chủ được tình hình ở Huế. Những cái tên như Tường-Xuân-Phan bị truy nã hàng ngày được đọc ra rả trên hệ thống phát thanh công cộng. Sau này có nhiều tài liệu của bọn chống Cộng cực đoan, đặc biệt là cuốn sách "Biến động miền Trung" của tay thiếu tá Liên Thành, từng là Trưởng ty Cảnh sát Thừa Thiên xuất bản ở Mỹ năm 2009 nói rằng: "Chiều ngày 11/6/1966, chúng phát hiện anh em tôi ghé nhà của nhạc sĩ Trịnh Công Sơn để ăn cơm, sau đó lên một chiếc xe hơi màu trắng để trốn ra vùng giải phóng…".
Nhưng trên thực tế, anh em chúng tôi không hề ghé qua nhà của nhạc sĩ Trịnh Công Sơn ở đầu cầu Phủ Cam, mà chúng tôi đã ghé nhà của anh Nguyễn Kim Sơn ở gần Bưu điện thành phố Huế. Nguyễn Kim Sơn là kỹ sư tốt nghiệp ở Mỹ, từng dẫn đầu đoàn biểu tình đọc tuyên cáo bằng tiếng Anh trước khi đốt tòa Tổng lãnh sự Mỹ ở Huế vào ngày 23/1/1965. Cho đến lúc ấy và cả đến hôm nay, Nguyễn Kim Sơn chưa hề ở trong một tổ chức nào của cách mạng. Hiện anh sinh sống ở CHLB Đức và trước sau như một - là một phật tử thuần thành.
Ở nhà anh Sơn mấy hôm, vào một buổi trưa, anh em chúng tôi được một đại úy quân cảnh của Quân lực Việt Nam Cộng hòa lái xe đưa chúng tôi ra rừng để lên chiến khu. Nên nhớ rằng, Huế những ngày đó tình hình hết sức căng thẳng, lệnh giới nghiêm được ban bố cả ngày lẫn đêm, vì vậy chúng tôi phải đi vào buổi trưa và phải là một đại úy quân cảnh mới có thể đưa chúng tôi vượt qua mọi cuộc tra xét dọc đường
