Kết luận thanh tra của Bộ TNMT kiến nghị UBND tỉnh Đồng Nai chấn chỉnh công tác quản lý nhà nước về TNMT, nâng cao hiệu lực, hiệu quả, bảo đảm đúng quy định của pháp luật. UBND các huyện và thành phố trên địa bàn tỉnh Đồng Nai chấn chỉnh việc thực hiện thủ tục tách, hợp thửa đất, hiến đất xây dựng hạ tầng kỹ thuật.
UBND tỉnh và cấp huyện kiểm điểm các sở, ngành, đơn vị, địa phương có liên quan làm rõ trách nhiệm tập thể, cá nhân để xảy ra các tồn tại, từ đó có hình thức xử lý phù hợp, đồng thời có biện pháp khắc phục tồn tại.
Thanh tra Bộ TNMT chỉ ra những tồn tại như: UBND tỉnh Đồng Nai ban hành văn bản quy phạm pháp luật về diện tích tối thiểu đất nông nghiệp để tách thửa đất tại thời điểm năm 2014 và 2016 khi pháp luật về đất đai chưa giao cho UBND cấp tỉnh quy định. Đồng thời quy định không bồi thường mà chỉ hỗ trợ đối với trường hợp sử dụng đất trước ngày 1/7/2004, tại thời điểm bắt đầu sử dụng đất không có các hành vi vi phạm là không đúng quy định của pháp luật đất đai.
UBND tỉnh Đồng Nai chỉ định Công ty CP Long Thành Riverside làm chủ đầu tư dự án đầu tư xây dựng khu dân cư theo quy hoạch để thực hiện giao đất cho công ty này không thông qua hình thức đấu giá quyền sử dụng đất là chưa phù hợp với quy định của Luật Đất đai. Việc hướng dẫn trình tự, thủ tục cho phép người sử dụng đất được hiến đất để xây dựng công trình công cộng chưa đầy đủ, chưa cụ thể, rõ ràng, gây khó khăn, không thống nhất trong tổ chức thực hiện.
Các quy định về điều kiện được phép tách thửa cũng có nhiều tồn tại dẫn đến tình trạng các hộ gia đình, cá nhân hiến đất xây dựng đường giao thông trong thửa đất của mình nhằm đủ điều kiện được tách thửa, chuyển mục đích sử dụng đất sang đất ở để thu lợi. Tỉnh Đồng Nai chưa đầu tư kinh phí cho công tác lập các quy hoạch ngành có sử dụng đất để hỗ trợ cho việc thực hiện quy hoạch sử dụng đất đai, dẫn đến các quy hoạch chậm được xây dựng, không theo kịp nhu cầu phát triển của xã hội.
Hiện tượng xuất hiện nhiều điểm dân cư nhỏ, lẻ do quá trình tách một thửa đất thành nhiều thửa đất mới cùng với việc chuyển quyền sử dụng đất, chuyển mục đích sử dụng đất sang đất ở và tình trạng các hộ gia đình, cá nhân tự bỏ kinh phí đầu tư xây dựng hạ tầng kỹ thuật trên diện tích đất hiến tặng… được Thanh tra Bộ TNMT cho rằng chưa được thực hiện đồng bộ, liên thông, tạo nên những khu dân cư tự phát.
Đối với lĩnh vực khai thác khoáng sản, tỉnh Đồng Nai cho phép Công ty TNHH MTV Đồng Tân, Công ty CP xây dựng và sản xuất vật liệu xây dựng Biên Hòa chuyển nhượng quyền khai thác khoáng sản chưa đúng với quy định về điều kiện được chuyển nhượng quyền khai thác khoáng sản. Trong đó, Công ty Đồng Tân chuyển nhượng quyền khai thác khoáng sản cho Công ty đầu tư phát triển Cường Thuận IDICO đối với mỏ đá Tân Cang 8, thực hiện chưa đúng quy định về điều kiện được chuyển nhượng quyền khai thác khoáng sản. Đến thời điểm chuyển nhượng Công ty Đồng Tân chưa thực hiện đầy đủ nghĩa vụ về tài chính. Trong khi đó, Công ty Biên Hòa chuyển nhượng quyền khai thác khoáng sản cho Công ty CP ĐTXD TMDV XNK Trường Trường Phát JP đối với mỏ đá Thiện Tân 9 là thực hiện chưa đúng quy định về điều kiện được chuyển nhượng quyền khai thác khoáng sản.
Kết luận thanh tra chỉ rõ việc UBND tỉnh Đồng Nai chậm phê duyệt tiền cấp quyền khai thác khoáng sản đối với Giấy phép khai thác khoáng sản của Công ty Biên Hòa từ năm 2014 đến tháng 6/2016 chưa đúng quy định của pháp luật. Việc tỉnh Đồng Nai phê duyệt tiền cấp quyền khai thác khoáng sản đối với Giấy phép khai thác khoáng sản của Công ty Trường Trường Phát JP không đúng đối tượng phải nộp tiền cấp quyền khai thác khoáng sản.
Điều tra sai phạm đất đai tại Công ty CP mía đường La Ngà 
Cơ quan CSĐT Bộ Công an vào cuộc điều tra sai phạm đất đai Dự án khu dân cư Tam Phước 
