Làm trái chỉ đạo của Thủ tướng Chính phủ
Kết luận thanh tra nêu rõ, trong quản lý sử dụng vốn, tài sản, một số công ty thành viên chưa ban hành quy chế quản lý sử dụng tài sản; chưa xây dựng mức dự trữ hàng tồn kho, lượng hàng tồn kho lớn gây ứ đọng vốn, ảnh hưởng tới hoạt động sản xuất kinh doanh. Chưa ban hành quy định về lựa chọn nhà thầu để áp dụng thống nhất trong các hoạt động bảo đảm tính liên tục cho sản xuất, kinh doanh thường xuyên của doanh nghiệp. Một số chi phí không phù hợp với hoạt động kinh doanh, phải loại khỏi chi phí khi xác định trị giá tính thuế thu nhập doanh nghiệp. Thuế thu nhập doanh nghiệp phải nộp bổ sung hơn 38,5 tỷ đồng.
Liên quan đến việc nhập thuốc lá nguyên liệu, trồng, chế biến nguyên liệu thuốc lá; sản xuất thuốc lá điếu, phân phối sản phẩm thuốc lá, hoạt động mua nguyên liệu thuốc lá còn một số tồn tại cần khắc phục như mua nguyên liệu thuốc lá của người trồng theo hình thức mua xô; bán lại nguyên liệu thuốc lá khi không có giấy phép mua bán nguyên liệu; không tổ chức chào hàng cạnh tranh để quyết định giá mua nguyên liệu… Sử dụng nguồn phát triển thị trường tổ chức đi nước ngoài, trong đó nhiều đối tượng không đúng với mục đích chuyến đi. Nguồn gốc một số nguyên liệu thuốc lá của doanh nghiệp tư nhân Tuấn Dung bán cho một số công ty thành viên có dấu hiệu hợp thức hóa nguyên liệu thuốc lá không hợp pháp.
Trong đầu tư xây dựng, Tổng công ty Thuốc lá Việt Nam đã có sai phạm trong việc thực hiện góp vốn dự án tại 152 Trần Phú, TP Hồ Chí Minh. Cụ thể, không thực hiện đánh giá lại tài sản là không đúng quy định về quản lý tài sản doanh nghiệp Nhà nước; làm trái chỉ đạo của Thủ tướng Chính phủ, vi phạm pháp luật về chuyển nhượng tài sản doanh nghiệp do Nhà nước nắm giữ 100% vốn điều lệ khi chuyển nhượng 30.927,7m2 tại 152 Trần Phú không xin phép Thủ tướng Chính phủ; không thực hiện đấu giá quyền sử dụng đất, có nguy cơ thất thoát tiền của Nhà nước, của doanh nghiệp.
Nếu phát hiện dấu hiệu tội phạm chuyển cơ quan điều tra
Kết luận thanh tra chỉ rõ, chịu trách nhiệm đối với những vi phạm, khuyết điểm trên thuộc về Hội đồng thành viên, Chủ tịch Hội đồng thành viên, Tổng Giám đốc, Ban lãnh đạo Tổng công ty Thuốc lá Việt Nam, Công ty TNHH MTV Thuốc lá Sài Gòn, Công ty TNHH MTV Thuốc lá Thăng Long, Công ty TNHH MTV Thuốc lá Hải Phòng, Công ty TNHH MTV Viện thuốc lá…
Từ kết quả thanh tra, Tổng Thanh tra Chính phủ kiến nghị Thủ tướng Chính phủ chỉ đạo Bộ Tài chính chỉ đạo Tổng cục Thuế kiểm tra việc kê khai, nộp thuế đối với các trường hợp thu mua nguyên liệu thuốc lá của các hộ nông dân được thực hiện bằng hình thức bảng kê để xác định giá tính thuế thu nhập doanh nghiệp phù hợp; xác định lại thuế thu nhập doanh nghiệp đối với Doanh nghiệp tư nhân Tuấn Dung. Bộ Công thương chỉ đạo rà soát hoạt động mua bán nguyên liệu thuốc lá, xử lý kịp thời các trường hợp vi phạm trong hoạt động kinh doanh nguyên liệu thuốc lá. Ủy ban Quản lý vốn Nhà nước tại doanh nghiệp chủ trì cùng các bộ, ngành liên quan thu hồi cơ sở nhà đất 30.927,7m2 tại 152 Trần Phú, TP Hồ Chí Minh; xử lý các phát sinh trong quá trình thu hồi cơ sở nhà đất này. Trong quá trình thực hiện, nếu phát hiện dấu hiệu tội phạm hoặc đến ngày 31/12/2023 chưa thực hiện được việc thu hồi thì chuyển cơ quan điều tra, Bộ Công an để điều tra, xử lý theo quy định của pháp luật.
Tổng công ty Thuốc lá Việt Nam chỉ đạo các đơn vị thành viên thực hiện nộp số tiền thuế thu nhập doanh nghiệp tính thiếu do một số khoản chi không được giảm trừ khi xác định thu nhập chịu thuế thu nhập doanh nghiệp (chi không phục vụ hoạt động sản xuất kinh doanh; chi phí vượt định mức tiêu hao nguyên vật liệu; chi hỗ trợ tiền lương cho nhà phân phối; chi hỗ trợ khách hàng cấp 3) số tiền hơn 38,5 tỷ đồng.
Thủ tướng Chính phủ chỉ đạo Bộ Công an điều tra, xác minh, làm rõ những vụ việc mua bán nguyên liệu của Doanh nghiệp tư nhân Tuấn Dung có dấu hiệu của tội “Trốn thuế” theo Điều 200 Bộ Luật hình sự năm 2015.
Thanh tra việc quản lý, sử dụng vốn và tài sản tại Tổng Công ty Thuốc lá Việt Nam 
