Theo dự thảo Nghị định của Chính phủ về quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của Bộ Nông nghiệp và Môi trường sẽ chính thức được ban hành sau khi kỳ họp bất thường lần thứ 9, Quốc hội khóa XV (diễn ra từ 12/2 đến 19/2) thông qua Nghị quyết về thành lập một số bộ trên cơ sở tổ chức lại một số bộ, cơ quan ngang bộ của Chính phủ.
Về phương án cơ cấu tổ chức, Chính phủ đề nghị Quốc hội xem xét quyết định cơ cấu tổ chức của Chính phủ nhiệm kỳ Quốc hội khóa XV gồm 14 bộ và 3 cơ quan ngang bộ.
Trong đó, thành lập Bộ Nông nghiệp và Môi trường trên cơ sở hợp nhất Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn và Bộ Tài nguyên và Môi trường, cơ bản kế thừa chức năng, nhiệm vụ hiện đang giao cho Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn và Bộ Tài nguyên và Môi trường và tiếp nhận nhiệm vụ quản lý nhà nước về giảm nghèo từ Bộ Lao động - Thương binh và Xã hội.
Tại dự thảo Nghị định quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức, Bộ Nông nghiệp và Môi trường sẽ có vị trí, chức năng là cơ quan của Chính phủ thực hiện chức năng quản lý nhà nước về các lĩnh vực: Nông nghiệp; lâm nghiệp; diêm nghiệp; thủy sản; thủy lợi; phòng chống thiên tai; phát triển nông thôn; đất đai; tài nguyên nước; tài nguyên khoáng sản, địa chất; môi trường; khí tượng thuỷ văn; biến đổi khí hậu; đo đạc và bản đồ; quản lý tổng hợp tài nguyên và bảo vệ môi trường biển và hải đảo; viễn thám; quản lý nhà nước các dịch vụ công trong các lĩnh vực thuộc phạm vi quản lý của Bộ.
Bộ Nông nghiệp và Môi trường thực hiện các nhiệm vụ, quyền hạn quy định tại Nghị định số 123/2016/NĐ-CP ngày 01 tháng 9 năm 2016 của Chính phủ quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của bộ, cơ quan ngang bộ (được sửa đổi bổ sung tại Nghị định số 101/2020/NĐ-CP ngày 28 tháng 8 năm 2020, Nghị định số 83/2024/NĐ-CP ngày 10 tháng 7 năm 2024 của Chính phủ). Trong đó, Bộ thực hiện 45 nhiệm vụ, quyền hạn.
Về cơ cấu tổ chức, sẽ có 30 đầu mối trực thuộc (giảm 25 đầu mối, tương đương hơn 45%) cụ thể: Vụ Hợp tác quốc tế; Vụ Kế hoạch - Tài chính; Vụ Khoa học và Công nghệ; Vụ Pháp chế; Vụ Tổ chức cán bộ; Văn phòng Bộ; Thanh tra Bộ; Cục Chuyển đổi số; Cục Trồng trọt và Bảo vệ thực vật; Cục Chăn nuôi và Thú y; Cục Thủy sản và Kiểm ngư; Cục Lâm nghiệp và Kiểm lâm; Cục Quản lý và Xây dựng công trình thuỷ lợi; Cục Quản lý đê điều và Phòng, chống thiên tai; Cục Kinh tế hợp tác và Phát triển nông thôn; Cục Chất lượng, Chế biến và Phát triển thị trường; Cục Quản lý đất đai; Cục Quản lý tài nguyên nước; Cục Địa chất và Khoáng sản Việt Nam; Cục Môi trường; Cục Biến đổi khí hậu; Cục Bảo tồn thiên nhiên và Đa dạng sinh học; Cục Khí tượng Thủy văn; Cục Biển và Hải đảo Việt Nam; Cục Đo đạc, Bản đồ và Thông tin địa lý Việt Nam; Cục Viễn thám quốc gia; Viện Chiến lược, Chính sách nông nghiệp và môi trường; Báo Nông nghiệp và Môi trường; Tạp chí Nông nghiệp và Môi trường; Trung tâm Khuyến nông quốc gia.
Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn, tiền thân là Bộ Canh nông được thành lập năm 1945 và là một trong những Bộ đầu tiên thuộc Chính phủ lâm thời Việt Nam Dân chủ Cộng hòa do Chủ tịch Hồ Chí Minh ký Sắc lệnh. Trải qua nhiều giai đoạn phát triển, hợp nhất, đến năm 1995, được đổi thành Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn. Năm 2007, Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn tiếp tục hợp nhất với Bộ Thủy sản và giữ nguyên tên gọi, duy trì ổn định bộ máy từ đó đến nay.
Bộ Tài nguyên và Môi trường được thành lập năm 2002 trên cơ sở nâng cấp từ Tổng cục Địa chính nhà nước và tiếp nhận chức năng, nhiệm vụ từ các Bộ: Nông nghiệp và Phát triển nông thôn, Khoa học- Công nghệ và Môi trường và từ một số bộ, ngành khác.
Sau hợp nhất, Bộ Xây dựng có 23 đơn vị và sẽ quản lý 5 lĩnh vực vận tải 
