Từ năm 1942, anh em nhà họ Ngô bí mật ủng hộ và yểm trợ cho hoàng thân Kỳ Ngoại Hầu Cường Để, bên cạnh đó còn công khai hợp tác tích cực với hiến binh Nhật. Huân làm thông ngôn cho Nhật, nhưng thực chất là một tay mật vụ có tầm cỡ được người Nhật bố trí vào ghế Bí thư của Đại sứ Nhật Yokohama.
Thời điểm này, Ngô Đình Nhu cũng dang rộng vòng tay để che chở cho hai người con của hoàng thân Cường Để là Tráng Đinh và Tráng Liệt, tại Văn khố Tòa khâm sứ Huế. Trong khi đó, Khôi cho Diệm dùng dinh thự Tổng đốc Nam-Ngãi của mình để tiếp xúc với những cá nhân thân Nhật. Khôi còn che chở cho tín đồ Cao Đài (đang bị nghi ngờ thân Nhật, ủng hộ Cường Để) trong vùng cai trị.
Tháng 1/1944, Grandjean còn cho lệnh Bảo Đại bí mật trục xuất Diệm khỏi Huế, chỉ định cư trú ở Quảng Bình. Sau vụ này, anh em họ Ngô trút mọi hờn oán lên Phạm Quỳnh - đương kim Tổng lý Nam triều. Sở Mật thám Pháp cho rằng, những phần tử trong gia đình họ Ngô, đặc biệt là Ngô Đình Khôi, nuôi dưỡng lòng hận thù ngày một sâu đậm đối với Phạm Quỳnh - người đã thụ hưởng nhiều lợi lộc nhất trong "cuộc đảo chính ngày 2/5/1933 ở triều đình Huế".
Từ một nhà báo, Phạm Quỳnh đã trở thành Thượng thư Bộ Quốc dân giáo dục, rồi thăng lên chức Tổng lý khá nhanh, nắm giữ tước cao nhất của hệ thống quan lại triều Nguyễn (Tứ trụ triều đình). Mùa hè năm 1944, mật thám Pháp khám phá ra tổ chức Đại Việt Phục hưng của Diệm, gồm khoảng 50 đảng viên tích cực, kể cả một số giáo sĩ; nằm ngay trong đội lính khố xanh (Garde indochinoise), cảnh sát, công chức, v.v...
Một trong những lãnh tụ là Trần Văn Lý, Tuần vũ Hà Tĩnh. Pháp bèn cho lệnh khám xét tư thất của Diệm, nhưng Diệm đã sớm tẩu thoát và sau đó được viên trung úy người Nhật là Kuga Michio bí mật đưa vào Đà Nẵng, rồi từ đó đáp máy bay đi Sài Gòn. Trong thời gian ở miền Nam, Diệm lui tới với Matsushita (Tùng Hạ) Mitsuhiro, chủ Công ty Dainan Koosi (Đại Nam hay Dainan Konsi), trưởng lưới tình báo dân sự của Nhật, nhân vật này là người tự nhận là bạn thân của hoàng thân Cường Để.
Nhật-Pháp đánh nhau, vì vậy mà những người thân Nhật, có những hoạt động làm tay sai cho Nhật đều bị người Pháp truy lùng, bắt bớ. Ngày 12/8/1944, Nguyễn Huy Tân - cán sự Công chính ở Quảng Ngãi, một cán bộ của Diệm, trong khi bị người Pháp thẩm vấn đã khai rằng Nhật đã chọn Diệm làm Thủ tướng, trong một chế độ quân chủ lập hiến mà người làm vua không nhất thiết phải là Kỳ Ngoại Hầu Cường Để. Hai ngày sau, 14/8/1944, Paul Arnoux, Giám đốc Cảnh sát, được lệnh bí mật khai thác Ngô Đình Khôi và Nhu ngay tại Huế.
Ngày 18/8/1944, Arnoux báo cáo rằng Ngô Đình Nhu nhìn nhận việc làm tội lỗi của Diệm, nhưng Khôi không dính líu, xin “thề trên thập tự giá” là chỉ muốn duy trì "bát cơm" Pháp. Ngày 20/8/1944, lúc này tình hình ở châu Âu đang rối loạn, phe "Pháp tự do" của Charles de Gaulle đang tiến vào Paris, Decoux đồng ý với đề nghị của Arnoux là chỉ trừng trị những cán bộ hạng trung, tránh khiêu khích với quân Nhật.
Giám mục ngô đình thục cùng ngô đình diệm (phải) và Ngô Đình Nhu.
Trước tình hình anh em nhà Ngô bị người Pháp bắt giam ở Huế. Giám mục Ngô Đình Thục, lúc này đang cai quản ở Giáo xứ Vĩnh Long đã viết thư cầu cứu, chạy tội cho anh em mình để gửi đến Toàn quyền Jean Decoux. Nội dung bức thư này, ông Thục xin Jean Decoux nghĩ đến công lao hãn mã của cha mình với Chính phủ Pháp trong việc "đánh dẹp phản loạn" (tức những phong trào Văn Thân và Cần Vương kháng Pháp) khi xét xử những người trong gia đình họ Ngô. Ngô Đình Thục nhấn mạnh, cũng đã nhiều lần dâng hiến thân tâm cho Bảo hộ Pháp, bất kể mạng sống.
Chẳng hiểu vì công lao to lớn của Ngô Đình Khả (đặc cách từ Thương biện Cơ mật Viện lên Thái thường tự khanh, năm 1896); vị thế Giám mục của Ngô Đình Thục; thành tích phục vụ Bảo hộ của anh em Diệm-Khôi, hay vì mối lo ngại cho sự an nguy của chính bản thân Toàn quyền Jean Decoux mà người Pháp đã không tiếp tục truy cứu việc này.
Cuối năm 1944, đầu năm 1945, Diệm tá túc trong Bệnh viện Chợ Quán, được trưng dụng làm trụ sở quân sự của Nhật, sau này đổi tên thành Bệnh viện bài lao Hồng Bàng. Tại đây, Diệm cùng y sĩ Nguyễn Xuân Chữ, y sĩ Lê Toàn, kỹ sư Vũ Văn An, ký giả Vũ Đình Dy thành lập Ủy ban Kiến quốc, phò trợ Kỳ Ngoại Hầu Cường Để.
Cuối năm 1944, khi chuẩn bị kế hoạch Mago để đảo chính lật đổ người Pháp, Hiến binh Nhật đã lên phương án đưa Diệm lên làm thủ tướng. Tuy nhiên, diễn biến tình hình lúc bấy giờ ngày một đổi thay. Tướng Tsuchihashi Yuitsu, tân Tư lệnh Quân đoàn 38 - lực lượng trách nhiệm phòng thủ Đông Dương chống lại cuộc đổ quân Đồng minh-dồn mọi nỗ lực cho mục tiêu quân sự hơn chính trị. Bởi thế Tsuchihashi giữ Bảo Đại làm vua một nước Việt Nam "độc lập trong Khối thịnh vượng chung Đại Đông Á", chống việc đưa Kỳ Ngoại Hầu Cường Để về nước.
Tháng 3/1945, sau cuộc hành quân Meigo (9-10/3/1945) loại bỏ Decoux, Bảo Đại hai lần nhờ Nhật mời Diệm làm Thủ tướng, nhưng không có hồi âm. Mãi sau này, Bảo Đại mới được Nhật thông báo rằng họ không muốn dùng Diệm. Thay vào đó, tháng 4/1945, Trần Trọng Kim (1883-1952) được đưa từ Krung Thêp về Huế làm Tổng lý nội các.
Sau Cách mạng Tháng Tám 1945, Diệm vẫn ở Sài Gòn. Tháng 6/1946, Diệm bí mật tìm đường trở về Huế, dọc đường đi ông ta đã ghé lại Tuy Hòa và nghỉ lại ở nhà của cha Độ. Tại đây, Diệm đã bị Việt Minh bắt giữ rồi đưa ra miền Bắc.
Sau khi được phóng thích từ miền Bắc trở về, Diệm trở lại căn nhà rường ba gian, hai chái để sống ẩn giật cùng đứa em trai ngỗ ngược để bình tâm bày mưu tính kế, níu kéo thành lập lại phe phái chống Cộng. Người ta bắt đầu nhìn thấy ngôi nhà của ông cựu đại thần quá cố ở dốc Phủ Cam bắt đầu có sự xuất hiện của người ra, kẻ vào và đêm đêm những con người ấy lại chong đèn chụm đầu vào nhau để bàn bạc. Mỗi lần như thế, Cẩn cũng được ông anh trai cho ngồi chầu rìa để nghe luận bàn thế sự.
Thỉnh thoảng Cẩn cũng góp ý cho các anh đại loại là: "Mấy anh đã mần (làm), muốn được thì mần mạnh vô. Tây, Tàu, Nhật, Pháp chi cũng được, ai giúp được mình thì cứ nhờ. Khi mô thành công thì tính sau…". Cứ mỗi lần góp ý như thế xong là Cẩn bỏ đi nơi khác mà Cẩn không bao giờ nghĩ được rằng, cái đám người "đêm đêm chụm đầu bàn bạc" ở nhà mình lại được người Mỹ nâng đỡ và Cẩn mừng thầm cho cái sự lựa chọn của họ là tất yếu…
Những biến động chính trị trong lòng xã hội lúc bấy giờ đã gây nên những ảnh hưởng lớn trong tư duy của Ngô Đình Cẩn. Bản tính lưu manh, du thủ du thực suốt một thời gian dài tưởng chừng như đã ngủ yên nay lại có điều kiện để vươn vòi sống dậy. Tính cách thích hưởng lạc bằng những thú chơi ngông, không muốn làm quan trong con người của "cậu ấm Ụt" đã nhanh chóng tan biến rất nhanh, ngược lại con người ham chơi, ít học này đã chuyển hóa ý thức một cách chóng vánh.
Cẩn bắt đầu muốn làm chính trị như những con người ngày ngày vẫn thậm thụt đến dốc Phủ Cam để thưa bẩm với ông anh của mình. Hơn thế nữa, Cẩn ý thức rất rõ việc làm của mình sẽ không thể giống như cách mà các ông anh của Cẩn đã làm bấy lâu, mà Cẩn nghĩ rằng cần phải có một chút tàn nhẫn, cần thiết áp dụng cả chính sách độc tài, quân phiệt thì mới thành công…
Ngô Đình Diệm từ những ngày đầu trở lại Huế từ đất Bắc cho đến năm 1950, ông ta luôn lăng xăng xuôi ngược, khi thì ra Bắc, lúc vào Nam, rồi cùng với Nguyễn Văn Xuân, Trần Văn Lý qua Hồng Kông gặp Bảo Đại, rồi về Sài Gòn để vận động và cổ vũ cho sự xuất hiện của mình trên vũ đài chính trị. Như lời Diệm từng tuyên bố với các chính khách Hoa Kỳ trong một bữa cơm tại khách sạn Mayflower vào tháng 10/1950 ở Washington D.C: "Tôi tin tưởng tuyệt đối vào quyền lực của Vatican và tôi cực lực chống Cộng".
Có thế, ông Diệm mới được Vatican tin dùng và cũng vì vậy mà ông Diệm mới được Vatican đồng ý giao cho Giám mục Ngô Đình Thục dẫn sang Mỹ để giao cho Hồng y Francis Spellman lo chạy chọt với chính giới Hoa Kỳ sử dụng ảnh hưởng và thế mạnh làm áp lực với cả Pháp và Bảo Đại để đưa ông ta về Việt Nam cầm quyền.
Ngày 16/6/1954, tại Pháp, theo sự dàn xếp của người Pháp cộng với áp lực của người Mỹ. Bảo Đại lúc này với chức phận là Quốc trưởng của cái quốc gia "Độc lập trong liên hiệp Pháp" đang sinh sống nhờ trên đất Pháp đã phải cắn răng chấp thuận ủy nhiệm cho Ngô Đình Diệm về Sài Gòn làm thủ tướng thay cho nội các của hoàng thân Bửu Lộc vừa mới từ chức.
Tin ông Diệm sẽ quay trở về Việt Nam làm thủ tướng nhanh chóng được bay về Sài Gòn và Huế. Trong căn nhà rường cổ nằm trên dốc Phủ Cam, Cẩn nhận được tin này và vô cùng sung sướng… ăn vận chỉnh tề chạy ngay đến nhà thờ chánh tòa Phủ Cam để phủ phục một mình trước tượng Chúa để cầu nguyện cho con đường danh vọng của gia đình và bản thân mình được hanh thông...
