Là thành viên đảng Dân chủ, Napolitano bắt đầu dấn thân vào con đường chính trị từ năm 1993. Bà được Tổng thống Bill Clinton bổ nhiệm làm thẩm phán liên bang khu vực Arizona và tham gia điều tra án liên quan đến vụ đánh bom ở Oklahoma City năm 1995. Năm 1998, bà được bổ nhiệm làm Bộ trưởng Tư pháp bang Arizona.
Năm 2002, Napolitano giành thắng lợi trong cuộc bầu cử Thống đốc bang Arizona và trở thành nữ thống đốc thứ ba của bang này. Ngay trong nhiệm kỳ thống đốc đầu tiên, Napolitano đã trở thành thống đốc bang xuất sắc nhất nước Mỹ, được tạp chí Time tháng 11/2005 bầu chọn là “Thống đốc của năm”.
Tiếp đến, vào tháng 1/2006, Napolitano được chọn trao Giải thưởng Woodrow Wilson dành cho các quan chức công quyền xuất sắc. Nhờ những thành tích đó, Napolitano đã dễ dàng tái đắc cử chức Thống đốc bang Arizona vào tháng 11/2006, qua đó bà trở thành người phụ nữ đầu tiên ở Mỹ tái đắc cử chức vụ này.
Vào ngày 5/11/2008, bà Napolitano được ông Obama chọn làm cố vấn trong giai đoạn chuyển tiếp trước khi nhậm chức Bộ trưởng Bộ An ninh nội địa. Bộ An ninh nội địa Hoa Kỳ là bộ phận đặc trách bảo vệ nội địa Mỹ và an toàn cho công dân Mỹ. Bộ trưởng là thành viên nội các của tổng thống Hoa Kỳ. Chức vụ này được lập sau vụ khủng bố ngày 11/9/2001.
Dưới sự chỉ đạo của bà, số lượng nhân viên của Bộ An ninh nội địa Mỹ đã tăng gấp 15 lần, lên đến 250.000 người và trên phương diện số lượng nhân viên thì đây là bộ lớn nhất ở Mỹ.
Bà Napolitano được các chuyên gia an ninh nội địa đánh giá là nhà quản lý tài giỏi mà Bộ An ninh nội địa đang rất cần để chấn chỉnh lại nhiều hoạt động đang có vấn đề của mình nhất là các vấn đề liên quan đến chính sách nhập cư ở Mỹ. Vì Napolitano là Thống đốc bang Arizona (bang dọc biên giới Mỹ và Mexico) cho nên không ai hiểu rõ tình hình nhập cư bất hợp pháp hơn bà. Chính vì vậy bà đã giúp Tổng thống Obama thông qua một chính sách nhập cư mới cho phép nhập cư sau khi xem xét hoàn cảnh, tình trạng của từng cá nhân.
Đối tượng được áp dụng chính sách này là người dân nhập cư bất hợp pháp trẻ hơn 30 tuổi, nhập cư vào Mỹ khi chưa đến 16 tuổi, đã sống ở Mỹ hơn 5 năm và phải có bằng tốt nghiệp trung học phổ thông. Với điều luật mới này, bà đã giúp ông Obama chiếm được nhiều thiện cảm của những người nhập cư vào Mỹ trong cuộc bầu cử sắp tới.
Một nguyên nhân thôi thúc bà nghiên cứu sâu về tình trạng nhập cư ở Mỹ là do bà là người gốc Italia dù được sinh ra ở New York. Bà tốt nghiệp Trường đại học Santa Clara tại California và nhận được học bổng Truman danh giá. Sau đó, bà đã lấy bằng tiến sĩ luật học tại Đại học Virginia và làm thư ký cho thẩm phán Mary Schroeder (Tòa phúc thẩm thứ 9 của Mỹ). Một thời gian sau, bà theo thẩm phán Schroeder về làm việc cho Hãng luật Lewis and Roca LLP ở Phoenix.
Bà Janet Napolitano sinh ngày 29/11/1957, là người thứ 3 giữ chức vụ Bộ trưởng Bộ An ninh nội địa trong bộ máy chính quyền Mỹ. Người phụ nữ này không chỉ đảm nhận một chức vụ tưởng chừng chỉ hợp với đàn ông mà trong cuộc sống đời thường của bà cũng có nhiều nét khác biệt so với những phụ nữ khác.
Bà Napolitano có những sở thích mà ít người phụ nữ khác dám theo đuổi như là một fan hâm mộ bóng rổ và rất thường xuyên chơi tennis, bà thích lướt sóng và leo núi mạo hiểm. Bà đã từng leo lên ngọn núi cao nhất châu Phi, Kilimanjaro và dãy Himalayas. Napolitano chưa bao giờ kết hôn và cũng không có đứa con nào.
Đã có nhiều người nghi ngờ về giới tính của bà và tiến hành các cuộc điều tra ngấm ngầm rồi bóng gió đưa tin hồi năm 2002. Họ cho đăng tải các truyền đơn với dòng chữ "bỏ phiếu cho người đồng tính" ngay cạnh các áp phích cổ động liên quan đến các chiến dịch của bà. Bà đã khẳng định rằng mình không bị đồng tính và chỉ là một người phụ nữ độc thân ham mê công việc.
Tuy nhiên, sóng gió đã ập tới khi một đơn kiện do James T. Hayes - cựu đặc vụ của Cục Hải quan và Biên phòng (DHS) soạn thảo cho biết dưới sự chỉ đạo của bà Napolitano, các nhân viên nữ thường được thăng tiến qua mặt cả các nhân viên nam. Thêm vào đó, các quan chức nữ dưới “ô dù” của DHS cũng bị buộc tội đã cổ xúy các nhân viên nữ sử dụng ngôn từ tục tĩu xúc phạm tới các nhân viên nam. Tại đây nam giới đã bị xua đuổi và thường xuyên bị làm cho bẽ mặt.
Đơn kiện dài tới 21 trang còn buộc tội Bộ trưởng Bộ An ninh nội địa Mỹ, bà Janet Napolitano đã có những hành vi phân biệt đối xử với các nhân viên nam giới trong bộ và có phần thiên vị các nhân viên nữ thân cận với bà hơn. Tờ New York Daily News đã châm biếm rằng tổ chức này giống như một "hội nam sinh" nằm dưới sự điều hành của một người phụ nữ.
Trước rắc rối này bà Napolitano đã kiên quyết phản đối và cho rằng cáo buộc trên là vô căn cứ. Thế nhưng chắc chắn giới truyền thông sẽ không bỏ qua vụ việc này một cách dễ dãi đối với một nhân vật đặc biệt và tầm cỡ như bà Napolitano