Trong văn bản góp ý của mình, VCCI cho biết, tại Điều 5 của Luật Thuế GTGT hiện đang quy định về đối tượng không chịu thuế gồm nhiều mặt hàng như: Nông sản chưa chế biến, giống cây trồng, giống vật nuôi, phân bón, máy nông nghiệp, tàu cá, thức ăn chăn nuôi, muối, phần mềm máy tính, và một số loại máy móc, thiết bị, vật tư khác.
Các doanh nghiệp trong nước sản xuất hàng hoá thuộc nhóm này đang được hưởng lợi không phải đóng thuế GTGT cho sản phẩm đầu ra. Tuy nhiên, các doanh nghiệp này cũng đồng thời không được khấu trừ thuế GTGT đầu vào trong quá trình sản xuất kinh doanh. Trong khi đó, sản phẩm tương tự nhập khẩu cũng không phải chịu thuế GTGT khi nhập khẩu nhưng lại được hoàn thuế GTGT khi xuất khẩu ra khỏi nước đối tác. Như vậy, đối với các mặt hàng thuộc diện không chịu thuế, hàng hoá nhập khẩu đang có chi phí thuế thấp hơn hàng hoá sản xuất trong nước.
Theo khảo sát nhanh của VCCI đối với một số doanh nghiệp có liên quan, số thuế VAT chưa được khấu trừ của các mặt hàng nói trên xuất phát từ các chi phí đầu vào chịu thuế như: Chi phí nhà xưởng, văn phòng, chi phí năng lượng (điện, than, xăng dầu), vận tải, mua sắm máy móc, trang thiết bị, phương tiện giao thông, bao bì, in ấn, quảng cáo, chi phí nguyên vật liệu đầu vào (đối với các loại nguyên vật liệu chịu thuế như kim loại, khoáng sản…) và một số chi phí khác. Tỉ lệ thuế VAT chưa được khấu trừ trong giá thành của các mặt hàng này khác nhau, tuỳ từng dòng sản phẩm cụ thể và từng doanh nghiệp cụ thể. Theo phản ánh của các doanh nghiệp, tỉ lệ thuế VAT chưa được khấu trừ có thể dao động từ 1% đối với một số loại nông sản đến 8% đối với phân bón, máy móc.
VCCI cho rằng quy định về đối tượng không chịu thuế VAT đang gây tác động không mong muốn là bảo hộ ngược, khuyến khích nhập khẩu hàng hoá thay vì sản xuất trong nước. Hàng hoá nhập khẩu có chi phí thuế thấp hơn so với hàng hoá sản xuất trong nước chính là chi phí thuế VAT chưa được khấu trừ kể trên. Đây là vấn đề cần khắc phục trong lần sửa đổi Luật Thuế GTGT lần này, nếu không sẽ khiến sản xuất trong nước tiếp tục chịu thua thiệt, ảnh hưởng đến mục tiêu phát triển của đất nước.
Nếu so sánh với thuế nhập khẩu, khi đàm phán các hiệp định thương mại tự do (FTAs), Việt Nam chỉ chấp nhận hạ thuế nhập khẩu đối với một số mặt hàng với một số đối tác theo nguyên tắc có đi có lại (tức là các nước khác cũng phải đồng ý mở cửa thị trường cho hàng hoá của Việt Nam). Trong khi đó, quy định về đối tượng không chịu thuế VAT đã khiến Việt Nam "cho không" tất cả các nước đối tác số tiền thuế rất lớn và "mở toang" thị trường trong nước của rất nhiều mặt hàng với lợi thế cho hàng nhập khẩu.
Dự thảo đã đưa ra định hướng thu hẹp phạm vi đối tượng không chịu thuế tại Điều 5 của Luật. Đây là quan điểm hợp lý và cần thiết nhằm khuyến khích sản xuất trong nước.
VCCI đề xuất 4 phương án về đối tượng chịu thuế GTGT. Cụ thể: Phương án 1: Chuyển các mặt hàng không chịu thuế sang diện chịu thuế với các mức thuế suất 5%. Phương án 2: Chuyển các mặt hàng không chịu thuế sang diện chịu thuế với các mức thuế suất 5% hoặc 0%. Theo đó, các mặt hàng có tỷ trọng thuế GTGT chưa được khấu trừ trên 5% thì chuyển về mức 5%, còn các mặt hàng có tỷ trọng thuế GTGT chưa được khấu trừ dưới 5% thì chuyển về mức 0%. Phương án 3: Chuyển các mặt hàng không chịu thuế sang diện chịu thuế với các mức thuế suất khác nhau.
Phương án này sẽ khiến các mặt hàng sản xuất trong nước và mặt hàng nhập khẩu chịu chung một mức thuế suất, xoá bỏ toàn bộ việc bảo hộ ngược. Phương án 4: Cho phép doanh nghiệp trong nước chọn phương pháp tính thuế. Cụ thể là toàn bộ hàng hoá, dịch vụ tiêu dùng trong nước (không thuộc diện xuất khẩu) được phân loại vào hai nhóm với thuế suất 5% và 10%. Theo đó, chuyển toàn bộ hàng hoá, dịch vụ không chịu thuế sang diện thuế suất 5%; không còn diện hàng hoá, dịch vụ không chịu thuế. Dựa trên các ưu - nhược điểm của từng phương án, VCCI đề xuất ban soạn thảo cân nhắc lựa chọn phương án 3 hoặc phương án 4.
Thúc đẩy sản xuất trong nước, đảm bảo tăng trưởng ổn định 
Ưu tiên các sản phẩm, dịch vụ công nghệ thông tin sản xuất trong nước 
