Lần các đoàn tàu phải đột ngột tạm dừng hoạt động xảy ra gần đây nhất là vào ngày 14/1 vừa qua do lỗi kỹ thuật trong điều kiện trời mưa lớn với thời gian tạm dừng chạy tàu lên đến 30 phút. Kéo theo tình trạng gián đoạn này, nhiều hành khách phải vật vờ hàng tiếng đồng hồ ở nhà ga của tuyến Metro số 1 để chờ tàu. Trước đó, chiều 27/12/2024, các đoàn tàu cũng đã phải tạm ngưng hoạt động do mưa dông kèm sấm sét khiến hệ thống bảo vệ an toàn điện trên tuyến được kích hoạt.
Tối 26/12/2024, các đoàn tàu Metro số 1 cũng đã phải tạm dừng hoạt động trong 10 phút do có những chi tiết trong tín hiệu không đúng quy trình vận hành và chỉ dẫn kỹ thuật. Nhưng điều bất ngờ khi so sánh giữa 2 tuyến đường sắt đô thi đầu tiên của 2 thành phố lớn nhất nước, thì tuyến đường sắt Cát Linh - Hà Đông của Hà Nội chỉ phải dừng chạy tàu 1 lần do mưa lớn sau 2 năm hoạt động. Ngược lại, tuyến Metro số 1 ít nhất cũng đã bị gián đoạn chạy tàu 2 lần do trời mưa to.
Thông tin về những lần tuyến Metro số 1 dừng tạm thời trong quá trình vận hành tàu vào ngày 17/1, ông Phan Công Bằng, Trưởng ban Quản lý đường sắt đô thị TP Hồ Chí Minh cho hay, một trong những nguyên nhân dẫn đến việc phải dừng chạy tàu khẩn cấp là do gói thầu xây lắp và thiết bị, tín hiệu, cơ điện... do Công ty Hitachi (Nhật Bản) trúng thầu, hợp đồng này được ký từ năm 2012 nhưng đến cuối năm 2020 mới triển khai lắp đặt trong 3 - 4 năm theo tiêu chuẩn riêng của Nhật Bản. Trong điều kiện thời tiết nóng, ẩm, không khí có bụi mịn như ở TP Hồ Chí Minh, quá trình đưa vào vận hành đã có những lỗi nhất định. Những lỗi này đã được ghi nhận trong biên bản nghiệm thu, được đánh giá và đưa ra giải pháp khắc phục trong quá trình nghiệm thu, vận hành thử.
Cũng theo ông Phan Công Bằng, lỗi kỹ thuật lớn nhất hiện nay là tín hiệu cửa chắn, nhiều khi chỉ cần một giọt mưa cũng sẽ được thiết bị nhận diện bằng đầu đọc và tự động đóng lại. Do điều kiện tự nhiên của Nhật Bản và TP Hồ Chí Minh khác nhau nên Ban Quản lý đường sắt đô thị đã cùng với các đơn vị liên quan nghiên cứu để thiết bị đọc không quá nhạy cảm khi gặp những tình huống tương tự, song vẫn đảm bảo tuyệt đối an toàn.
Do có những tín hiệu khác so với quy trình vận hành nên khi chạy tàu phải đánh giá lại, với những tín hiệu có tính chất nghiêm trọng thì buộc phải dừng chạy tàu. Ông Bằng cho rằng, mỗi lần gặp sự cố phải dừng chạy tàu, những người quản lý và vận hành tuyến Metro số 1 cũng rất trăn trở, cùng với đơn vị tư vấn, nhà thầu phân tích, đánh giá ngay nguyên nhân để từng bước khắc phục. "Trong vòng 6 tháng sẽ kiểm soát được các lỗi trên" là lời khẳng định của ông Phan Công Bằng.
Metro số 1 còn vướng nghiệm thu, cấp phép vận hành 
Tuyến metro số 1 chưa được chấp thuận lùi thời gian đưa vào khai thác thương mại 
