Theo đó, UBND TP Hà Nội đề nghị điều chỉnh nội dung và quy mô đầu tư xây dựng của dự án đã được phê duyệt trước đó.
Cụ thể, tổng chiều dài tuyến xin điều chỉnh là 11,5km, trong đó có 8,9km đi ngầm, 2,6km đi trên cao. Chiều dài phần đi ngầm và đi trên cao thay đổi so với báo cáo nghiên cứu khả thi được duyệt năm 2008 do thay đổi phương án trắc dọc đoạn chuyển tiếp từ phần cầu cạn sang phần hầm.
Dự án điều chỉnh dự án gồm 10 đoàn tàu thay vì 14 đoàn tàu như quyết định cũ; điều chỉnh tổng nhu cầu sử dụng đất của dự án lên 51,37ha thay vì 49,06ha, tăng 2,31ha.
UBND TP Hà Nội cũng đề xuất điều chỉnh sơ bộ tổng mức đầu tư là 35.588 tỷ đồng, tăng 16.033 tỷ đồng (tương đương 82%) so với quyết định phê duyệt dự án vào năm 2008 có mức đầu tư 19.000 tỷ đồng.
Dự án cũng xin được đề xuất điều chỉnh thời gian thực hiện từ năm 2009 đến năm 2031, trong đó, hoàn thành vào năm 2029 và 2 năm đào tạo, vận hành, bảo dưỡng.
Theo UBND TP Hà Nội, dự án được nghiên cứu lập tại giai đoạn 2007-2008. Khi đó ở Việt Nam chưa có đầy đủ các định mức, đơn giá áp dụng cho loại công trình đường sắt đô thị nên việc xác định tổng mức đầu tư của đơn vị tư vấn đưa ra dựa trên cơ sở suất đầu tư của các công trình tương tự đã và đang được xây dựng ở châu Á từ những năm 2000.
Nguyên nhân sơ bộ tổng mức đề nghị điều chỉnh tăng 82% so với tổng mức ban đầu là thay đổi về quy mô đầu tư, làm sơ bộ tổng mức đầu tư tăng 2.840 tỷ đồng (khoảng 15%); thay đổi về tỷ giá quy đổi, làm sơ bộ tổng mức đầu tư tăng 1.329 tỷ đồng (khoảng 6,8%); các nguyên nhân về giá làm sơ bộ tổng mức đầu tư tăng 5.279 tỷ đồng (khoảng 27%); thay đổi về chế độ chính sách và các quy định của Nhà nước liên quan đến việc xác định và quản lý chi phí đầu tư làm sơ bộ tổng mức đầu tư tăng 6.537 tỷ đồng (khoảng 33,2%).
Trước đó, năm 2008, theo phê duyệt dự án của UBND TP Hà Nội, tuyến đường sắt đô thị Nam Thăng Long - Trần Hưng Đạo có tổng chiều dài tuyến 11,5 km, trong đó, 8,5 km đường đi ngầm, 3km đi cao.
Điểm đầu Nam Thăng Long theo đường Nguyễn Văn Huyên kéo dài - Hoàng Quốc Việt - Hoàng Hoa Thám - Thụy Khuê - Phan Đình Phùng - Hàng Giấy - Hàng Đường - Hàng Ngang - Hàng Đào - Đinh Tiên Hoàng - Hàng Bài; điểm cuối giao với phố Trần Hưng Đạo.
Thời gian thực hiện dự án trong giai đoạn 2009 - 2015, thời gian bảo dưỡng dự kiến khoảng 5 năm. Tổng mức đầu tư dự án là 19.555 tỷ đồng. Trong đó, vốn vay Cơ quan hợp tác quốc tế Nhật Bản (JICA) là 16.485 tỷ đồng; vốn đối ứng ngân sách TP Hà Nội là 3.079 tỷ đồng.
Gần chục năm qua, dự án đường sắt đô thị Nam Thăng Long - Trần Hưng Đạo vướng mắc vị trí ga ngầm C9, dù UBND TP Hà Nội cũng như Ban Quản lý Đường sắt đô thị Hà Nội đã tổ chức nhiều hội nghị, trưng bày lấy ý kiến của nhân dân và các chuyên gia, nhà khoa học về vị trí của ga ngầm C9.
Hà Nội vay đầu tư trên 66 nghìn tỷ đồng cho đường sắt đô thị Nam Thăng Long - Trần Hưng Đạo 
Tranh cãi xung quanh dự án đường sắt đô thị số 2, đoạn Nam Thăng Long - Trần Hưng Đạo 
