Theo Cục Đường bộ, hiện nay có 12 tuyến cao tốc do Nhà nước đại diện chủ sở hữu và trực tiếp quản lý, khai thác thuộc phạm vi quản lý của Bộ GTVT (nay là Bộ Xây dựng). Căn cứ quy định tại Nghị định 130/2024 và tiến độ lắp đặt hạ tầng trạm thu phí, thiết bị thu phí, trạm dừng nghỉ và hạ tầng kỹ thuật, thiết bị công nghệ để quản lý, điều hành giao thông, Cục Đường bộ Việt Nam đề xuất triển khai thu phí 5 tuyến cao tốc là Mai Sơn - QL45, QL45 - Nghi Sơn, Nghi Sơn - Diễn Châu, Vĩnh Hảo - Phan Thiết và Phan Thiết - Dầu Giây.
Về mức phí, 4 tuyến cao tốc Mai Sơn - QL45, QL45 - Nghi Sơn, Nghi Sơn - Diễn Châu, Vĩnh Hảo - Phan Thiết được quyết định chủ trương đầu tư trước ngày Luật Đường bộ có hiệu lực thi hành, khi đưa vào khai thác mà chưa đáp ứng đầy đủ các yêu cầu quy định tại Luật Đường bộ (đường cao tốc có 4 làn xe, có làn dừng khẩn cấp không liên tục) sẽ có mức thu 900 đồng/km. Cao tốc Phan Thiết - Dầu Giây đáp ứng đầy đủ các quy định về điều kiện triển khai thu phí (đường cao tốc có 4 làn xe, có làn dừng khẩn cấp liên tục) sẽ có mức phí là 1.300 đồng/km. Dự kiến khi triển khai thu phí 5 tuyến cao tốc nêu trên, sau khi trừ chi phí tổ chức thu, mỗi năm sẽ nộp ngân sách khoảng 1.700 tỷ đồng.
Đối với 7 tuyến cao tốc chưa đủ điều kiện thu phí gồm Hà Nội - Thái Nguyên, Lào Cai - Kim Thành, Cao Bồ - Mai Sơn, Cam Lộ - La Sơn, La Sơn - Túy Loan, TP Hồ Chí Minh - Trung Lương, Cục Đường bộ Việt Nam cho biết, sẽ nghiên cứu để tiếp tục lập đề án khai thác ở giai đoạn sau. Về thời hạn thu phí, dẫn quy định tại Thông tư số 23/2023 của Bộ Tài chính, Cục Đường bộ Việt Nam cho biết, thời gian tính hao mòn đối với thiết bị máy móc, thiết bị phục vụ hoạt động chung và máy móc, thiết bị văn phòng từ 5 - 8 năm.
Từ quy định trên, Cục Đường bộ Việt Nam đề xuất thời hạn khai thác tài sản là 7 năm. Trong quá trình đánh giá thực hiện chính sách hoặc sau khi hết 1 chu kỳ khai thác thiết bị sẽ nghiên cứu, đề xuất các phương thức khai thác khác (nếu phù hợp).
Về phương thức khai thác, Cục Đường bộ Việt Nam đề xuất cơ quan quản lý tài sản là Cục Đường bộ Việt Nam trực tiếp tổ chức khai thác tài sản kết cấu hạ tầng giao thông đường bộ. Lý giải cho đề xuất này, Cục Đường bộ Việt Nam cho biết, theo quy định tại Luật Quản lý, sử dụng tài sản công, có 4 phương thức khai thác áp dụng với tài sản kết cấu hạ tầng: Cơ quan quản lý tài sản trực tiếp tổ chức khai thác tài sản hạ tầng giao thông đường bộ; chuyển nhượng quyền thu phí; cho thuê quyền khai thác tài sản; chuyển nhượng có thời hạn quyền khai thác tài sản. Phân tích ưu nhược điểm của các hình thức trên, Cục Đường bộ Việt Nam cho biết, theo Luật Đường bộ năm 2024, đường bộ cao tốc đầu tư bằng ngân sách do Nhà nước là đại diện chủ sở hữu là tài sản có thu phí.
Vì vậy, phương thức cho thuê quyền khai thác tài sản hạ tầng đường bộ không phù hợp do việc cho thuê quyền khai thác tài sản đường bộ không áp dụng đối 6 với tài sản kết cấu hạ tầng đường bộ được thu phí sử dụng đường bộ theo quy định của pháp luật. Tương tự, phương thức chuyển nhượng có thời hạn quyền khai thác tài sản hạ tầng đường bộ cũng không phù hợp do việc chuyển nhượng có thời hạn quyền khai thác tài sản hạ tầng đường bộ gắn với việc đầu tư nâng cấp, mở rộng tuyến đường theo dự án đã được cơ quan, người có thẩm quyền phê duyệt.
Trên cơ sở đánh giá ưu, nhược điểm của từng phương thức và để đáp ứng được tiến độ triển khai thu phí sử dụng đường cao tốc do Nhà nước đầu tư, Cục Đường bộ Việt Nam đề xuất thực hiện khai thác tài sản đường cao tốc theo phương thức cơ quan được giao quản lý tài sản hạ tầng trực tiếp tổ chức khai thác. Theo đó, Cục Đường bộ Việt Nam là cơ quan được giao quản lý tài sản trực tiếp tổ chức quản lý, bảo trì, bảo dưỡng đối với các đoạn đường bộ cao tốc do Nhà nước đầu tư, sở hữu, quản lý, khai thác theo quy định pháp luật. Việc thu phí đường cao tốc sẽ áp dụng hình thức điện tử không dừng.
Nghiên cứu hai phương án thu phí cao tốc do Nhà nước đầu tư 
Không để "phí chồng phí" khi thu phí cao tốc do ngân sách đầu tư 
