Theo cáo trạng của Viện KSND tỉnh Lào Cai, năm 2009, Công ty TNHH Xây dựng thương mại Lilama (viết tắt là Công ty Lilama) được UBND tỉnh Lào Cai cấp giấy chứng nhận để thực hiện dự án đầu tư xây dựng khách sạn, nhà hàng tại thôn 2, xã Đồng Tuyển (TP Lào Cai, tỉnh Lào Cai) trên diện tích đất rộng 3,77ha.
Quá trình san gạt, do phát hiện quặng apatit nên các sở, ban, ngành Lào Cai vào cuộc khảo sát thực địa. Xác định một phần diện tích của dự án nằm chồng lên trên 22.000 mét vuông của Khai trường số 18 thuộc quy hoạch quặng apatit, đã được bộ Công Thương phê duyệt.
Theo quy định, việc khai thác quặng Apatit tại khu vực này phải có giấy phép khai thác và thẩm quyền cấp phép khai thác thuộc Chính phủ. Vì vậy, UBND tỉnh Lào Cai quyết định thu hồi giấy chứng nhận đầu tư đối với Công ty Lilama và giao diện tích đất 3,77ha cho Công ty TNHH MTV Apatit Việt Nam (viết tắt là Công ty Apatit) quản lý, sử dụng.
Ngày 26/3/2012, Công ty Apatit có văn bản gửi UBND tỉnh Lào Cai xin khai thác quặng apatit trên diện tích này với lý do, quá trình san gạt mặt bằng đã lộ ra thân quặng Apatit và có hiện tượng khai thác trộm; thân quặng nằm chênh vênh, đến mùa mưa lũ có nguy cơ bị sạt lở, trôi lấp làm thất thoát. Công ty Apatit đề nghị UBND tỉnh Lào Cai cho phép khai thác tận thu quặng Apatit có nguy cơ thất thoát, trôi lấp.
Sau đó, UBND tỉnh Lào Cai đã ra Văn bản số 839 đồng ý giao Công ty Apatit tổ chức bảo vệ quặng apatit trong phạm vi 3,77 ha; giao cho công ty cải tạo mặt bằng khu mỏ để xử lý nguy cơ sạt lở đất đá, đưa mỏ về trạng thái an toàn trong thời hạn hai tháng. UBND tỉnh Lào Cai cho phép, trong thời gian cải tạo mặt bằng khu mỏ, nếu phát hiện khoáng sản thì Công ty Apatit được thu hồi, vận chuyển, quản lý và sử dụng đúng quy định.
Từ quyết định của UBND tỉnh Lào Cai, bị cáo Nguyễn Mạnh Thừa (Giám đốc Công ty Lilama) đã có văn bản gửi Công ty Apatit đề nghị được tham gia san tạo lại các điểm dễ bị sạt lở xuống các hộ dân trong mùa mưa lũ. Ông Nguyễn Quang Huy (Tổng Giám đốc Công ty Apatit) đồng ý với đề nghị của Công ty Lilama.
Tiếp đó, bị cáo Nguyễn Mạnh Thừa ký ban hành phương án số 13 san tạo khu vực 3,77 ha, tận thu triệt để quặng Apatit nếu phát hiện thấy trong quá trình san gạt.
Quá trình cùng Công ty Apatit tận thu quặng, ngày 30/5/2012, bị cáo Nguyễn Mạnh Thừa đã gửi văn bản đề nghị UBND tỉnh Lào Cai giao lại diện tích 3,77 ha và cấp lại giấy chứng nhận đầu tư khách sạn, nhà hàng tại thôn 2, xã Đồng Tuyển.
Hơn hai tháng nhận văn bản đề nghị từ Công ty Lilama, UBND tỉnh Lào Cai đã ban hành Văn bản số 2160 đồng ý về chủ trương dự án xây dựng khách sạn, nhà hàng, đồng thời yêu cầu Công ty Apatit bàn giao diện tích 3,77 ha thuộc khai trường 18 cho Công ty Lilama.
Văn bản của UBND tỉnh Lào Cai thể hiện, quá trình triển khai dự án, nếu còn khoáng sản thì Công ty Lilama được tận thu và thực hiện các nghĩa vụ có liên quan theo quy định của pháp luật.
Sau khi đưa máy móc vào san gạt mặt bằng, Công ty Lilama tiếp tục phát hiện dấu hiệu khoáng sản và đã có đề nghị UBND tỉnh Lào Cai chỉ đạo các sở, ngành của tỉnh Lào Cai lấy mẫu phân tích, nếu đúng là khoáng sản thì cho phép được thu gom, vận chuyển và giao cho Công ty Apatit quản lý và sử dụng, tránh lãng phí tài nguyên.
Ngày 20/5/2013, UBND tỉnh Lào Cai ra Văn bản số 1717 yêu cầu Công ty Lilama thường xuyên báo cáo, lấy mẫu xét nghiệm, kết quả phân tích có quặng, kể cả quặng nghèo, giao cho Công ty Lilama thu gom, thỏa thuận và thống nhất với Công ty Apatit để tập kết, quản lý và sử dụng theo quy định.
Cáo trạng của Viện KSND tỉnh Lào Cai xác định, để sai phạm của Công ty Lilama và Công ty Apatit diễn ra trong thời gian dài, UBND tỉnh Lào Cai đã ban hành nhiều văn bản giúp Công ty Lilama khai thác trái phép hơn 1,5 triệu tấn quặng Apatit các loại, trị giá hơn 610 tỷ đồng.
Theo kế hoạch, phiên tòa diễn ra 9 ngày.
Vụ khai thác lậu quặng Apatit Lào Cai: Giám đốc Lilama “một tay che trời”? 
Kết luận điều tra vụ án hình sự tại Công ty TNHH xây dựng thương mại Lilama 
