Liên quan đến vụ án này, 3 bị can cựu lãnh đạo Cục Thuế tỉnh Bình Phước bị truy tố tội “Thiếu trách nhiệm gây hậu quả nghiêm trọng” gồm: Nguyễn Duy Khánh (cựu Phó Cục trưởng), Trần Văn Định (cựu Trưởng phòng Thanh tra Kiểm tra 3) và Phạm Quang Vinh (cựu Phó trưởng Phòng Nghiệp vụ Dự toán Pháp chế).
Theo cáo trạng, năm 2017, Thủ tướng Chính phủ ra Quyết định số 11/2017 khuyến khích phát triển các dự án điện mặt trời tại Việt Nam, quy định giá mua điện từ các dự án mặt trời nối lưới là 9,35 UScents/kWh, áp dụng đến hết tháng 6/2019. Bộ Công thương sẽ đề xuất cơ chế khuyến khích phát triển các dự án điện mặt trời áp dụng sau thời gian này.
Trong giai đoạn từ năm 2016 đến năm 2018, trên địa bàn tỉnh Ninh Thuận, ngoài 3 dự án điện mặt trời đã có, Thủ tướng Chính phủ phê duyệt bổ sung 5 dự án vào Quy hoạch điện VII điều chỉnh, Bộ Công thương phê duyệt bổ sung 24 dự án vào Quy hoạch phát triển điện lực tỉnh Ninh Thuận với tổng công suất khoảng 2000 MW.
Cuối năm 2017, Công ty cổ phần Điện mặt trời Trung Nam (do ông Nguyễn Tâm Thịnh là người đại diện theo pháp luật) đề xuất và được UBND tỉnh Ninh Thuận chấp thuận, có văn bản gửi Bộ Công thương đề nghị bổ sung Dự án Nhà máy điện mặt trời Trung Nam - Thuận Nam, công suất 50 MW vào Quy hoạch điện VII.
Bộ Công thương đã thực hiện một số thủ tục thẩm định, lấy ý kiến các cơ quan, đơn vị liên quan. Tuy nhiên, ngày 10/5/2018, Văn phòng Chính phủ thông báo ý kiến kết luận của Phó Thủ tướng Chính phủ Trịnh Đình Dũng với nội dung, chỉ xem xét bổ sung vào Quy hoạch điện VII điều chỉnh với các dự án đã hoàn thành thẩm định.
Do đó, Bộ Công thương dừng việc thẩm định, bổ sung quy hoạch đối với các dự án điện mặt trời nói chung, trong đó có Nhà máy của Trung Nam - Thuận Nam.
Trong giai đoạn này, bị can Phương Hoàng Kim là Cục trưởng Cục Điện lực và Năng lượng tái tạo (Bộ Công thương) đã trực tiếp chỉ đạo Phòng Kế hoạch và Quy hoạch thực hiện thủ tục thẩm định và trực tiếp ký các văn bản gửi các cơ quan, đơn vị, đề nghị góp ý về việc bổ sung quy hoạch dự án. Bị can Hoàng Quốc Vượng là Thứ trưởng Bộ Công thương đã trực tiếp ký báo cáo gửi Thủ tướng Chính phủ về tình hình phát triển các dự án điện mặt trời.
Năm 2018, Chính phủ ban hành Nghị quyết số 115/NQ-CP về việc thực hiện một số cơ chế, chính sách đặc thù hỗ trợ tỉnh Ninh Thuận phát triển kinh tế - xã hội, ổn định sản xuất, đời sống nhân dân giai đoạn 2018 – 2023. Văn bản này có nội dung cho các dự án năng lượng mặt trời tại tỉnh Ninh Thuận được hưởng giá bán ưu đãi 9,35 UScents/kWh đến hết năm 2020, thay vì chỉ đến tháng 6/2019 như quyết định 11/2017 trước đó.
Thực hiện Quyết định số 11/2017/QĐ-TTg của Thủ tướng Chính phủ, tháng 8/2018, Bộ Công thương lập Tổ soạn thảo các quyết định của Thủ tướng Chính phủ quy định về cơ chế khuyến khích phát triển các dự án điện mặt trời tại Việt Nam (Dự thảo Quyết định số 13/2020/QĐ-TTg) gồm 26 thành viên. Trong đó, bị can Phương Hoàng Kim làm tổ trưởng.
Tổ soạn thảo đã đưa nội dung vào dự thảo là: “Đối với tỉnh Ninh Thuận, giá bán điện từ các dự án điện mặt trời nối lưới có ngày vận hành thương mại trước ngày 1/1/2021, với tổng cộng suất không quá 2.000 MW đã được Thủ tướng Chính phủ chấp thuận triển khai là 2.086 đồng/kWh (tương đương 9,35 UScents/kWh)...".
Tháng 4/2019, bị can Hoàng Quốc Vượng chủ trì cuộc họp về việc xây dựng nội dung dự thảo và chỉ đạo thay đổi nội dung trên theo hướng, quy định áp dụng cho "các dự án điện mặt trời nối lưới đã có trong quy hoạch phát triển điện lực các cấp".
Việc thay đổi như trên sẽ khiến số lượng các đơn vị được bán điện giá cao cho Tập đoàn điện lực EVN đã rộng còn mở rộng thêm. Tuy vậy, các bị can tại Bộ Công thương vẫn nhất quyết thực hiện, bất chấp sự phản đối của Bộ Tư pháp và yêu cầu xem xét lại từ Bộ Tài chính.
Tháng 11/2019, Thủ tướng Chính phủ yêu cầu thực hiện nghiêm Nghị quyết số 115/2018/NQ-CP. Tuy nhiên, bị can Hoàng Quốc Vượng vẫn gửi dự thảo Tờ trình kèm theo không đề cập đến giá điện mặt trời, nhưng tại khoản 2 Điều 5 Dự thảo Quyết định số 13/2020 lại có nội dung: “Đối với tỉnh Ninh Thuận, giá mua điện từ các dự án điện mặt trời nổi lưới đã có trong quy hoạch phát triển điện lực các cấp và có ngày vận hành thương mại trước ngày 1/1/2021 với tổng công suất tích lũy không quả 2.000 MW là 2.086 đồng/kWh”.
Tháng 4/2020, Phó Thủ tướng Chính phủ Trịnh Đình Dũng ký Quyết định số 13/2020/QĐ-TTg về cơ chế khuyến khích phát triển điện mặt trời tại Việt Nam, bao gồm nội dung nói trên.
Sau khi Quyết định số 13/2020 ban hành, trên địa bàn tỉnh Ninh Thuận có tổng cộng 30 dự án được hưởng chính sách giá điện 9,35 UScents/kWh. Trong đó có 2 dự án không đủ điều kiện được hưởng chính sách giá điện ưu đãi theo Nghị quyết số 115/NQ-CP gồm Solar Farm Nhơn Hải và Trung Nam - Thuận Nam.
Hai doanh nghiệp này được EVN thanh toán tiền mua điện theo giá ưu đãi sai quy định, gây thiệt hại hơn 99 tỷ đồng tại Solar Farm Nhơn Hải và hơn 944 tỷ đồng tại Trung Nam - Thuận Nam, tổng thiệt hại hơn 1.043 tỷ đồng.
Công ty mua bán điện thuộc EVN sai phạm gì trong vụ án cựu Thứ trưởng Hoàng Quốc Vượng? 
Khởi tố cựu Thứ trưởng Bộ Công thương Hoàng Quốc Vượng 
