Vụ án do bị can Diệp Dũng cùng đồng phạm thực hiện xảy ra tại Saigon Co.op là vụ án thuộc diện Ban Chỉ đạo Trung ương về Phòng, chống tham nhũng, tiêu cực theo dõi, chỉ đạo.
Cụ thể, 3 bị can bị đề nghị truy tố về tội “Lạm quyền trong khi thi hành công vụ” gồm Diệp Dũng, Tôn Thất Hào (nguyên Giám đốc Công ty Đại Á), Võ Thành Trung (nguyên Tổng giám đốc Công ty Đô Thị Mới).
Có 6 bị can bị đề nghị truy tố về tội “Thiếu trách nhiệm gây hậu quả nghiêm trọng”, gồm Hồ Mỹ Hòa (Giám đốc Tài chính, thành viên Hội đồng quản trị Saigon Co.op); Nguyễn Thành Nhân (nguyên Tổng giám đốc, thành viên Hội đồng quản trị Saigon Co.op); Trần Trung Liệt (nguyên Kế toán trưởng Saigon Co.op); Hàng Thanh Dân (nguyên Trưởng ban Kiểm soát Saigon Co.op); Phạm Thị Minh Ngọc (Phó ban Kiểm soát Saigon Co.op); Nguyễn Thị Thùy Trang - Ủy viên ban Kiểm soát Saigon Co.op nhiệm kỳ 2014 -2019, Trưởng ban Kiểm soát Saigon Co.op (từ tháng 7/2019 đến nay).
Theo Cơ quan An ninh điều tra, quá trình hoạt động của Saigon Co.op, từ 1999-1/2020 có 9 lần tăng vốn điều lệ. Trong đó, việc tăng vốn điều lệ lần thứ 9 từ 3.200 tỷ đồng lên 6.797 tỷ đồng (tăng thêm 3.597 tỷ đồng, chiếm khoảng 53%), với sự chỉ đạo trực tiếp của bị can Diệp Dũng.
Cơ quan An ninh điều tra xác định, cuối năm 2015 đầu năm 2016, khi chuỗi siêu thị Big C tại Việt Nam công bố thông tin chuyển nhượng, Đảng ủy, HĐQT, Ban Tổng Giám đốc Saigon Co.op đã thống nhất và trình Đại hội Thành viên Saigon Co.op thông qua nghị quyết tiếp tục mở rộng và phát triển mạng lưới với phương thức “mua bán - sáp nhập” đối với các công ty, đơn vị có ý định chuyển nhượng các điểm bán lẻ tại Việt Nam.
Tháng 2/2016, Saigon Co.op xin chủ trương mua lại chuỗi Big C Việt Nam, được UBND TP Hồ Chí Minh chấp thuận và giao chịu trách nhiệm nghiên cứu, rà soát pháp lý, cân đối năng lực tài chính, hiệu quả kinh tế của việc đầu tư (thông qua Đại hội Thành viên) để xem xét, quyết định việc mua lại chuỗi siêu thị Big C Việt Nam theo đúng quy định.
Đến tháng 8/2016, bị can Diệp Dũng (với danh nghĩa Chủ tịch HĐQT Saigon Co.op) đã tự ý ký hợp đồng “Hợp tác đầu tư” với hai công ty là Đại Á số tiền 300 tỷ đồng, Đô Thị Mới là 700 tỷ đồng (mà không thông qua HĐQT).
Diệp Dũng sau đó đã ký ủy nhiệm chi chuyển 1.000 tỷ đồng từ tài khoản chuyên dùng để huy động vốn của Saigon Co.op sang một tài khoản khác cũng của Saigon Co.op nhưng mở tại chi nhánh khác. Tiếp đó, Dũng ký ủy nhiệm chi chuyển tiền lần lượt 300 tỷ và 700 tỷ đến tài khoản hai công ty Đại Á và Đô Thị Mới để thực hiện hợp đồng hợp tác đầu tư.
Theo hợp đồng hợp tác đầu tư với Công ty Đại Á, Công ty Đô Thị Mới, Saigon Co.op được nhận tỷ lệ lợi nhuận cố định là 7%/năm, thời hạn 3 tháng và được thanh toán (gốc và lãi) một lần vào cuối kỳ hợp tác. Từ tháng 11/2016 đến tháng 11/2017, bị can Diệp Dũng và Tôn Thất Hào, Võ Thành Trung tiếp tục ký 4 phụ lục hợp đồng để gia hạn thời gian hợp tác.
Tháng 3/2018, bị can Diệp Dũng không thông qua HĐQT, tự ký thỏa thuận bổ sung để điều chỉnh tỷ lệ lợi nhuận từ 7% xuống 0%/năm. Đây là nguyên nhân trực tiếp dẫn đến việc Saigon Co.op thiệt hại số tiền lợi nhuận của hai hợp đồng gần 115,7 tỷ đồng (trong đó thiệt hại về thuế là hơn 29,7 tỷ đồng) và sau đó bị Cục Thuế TP Hồ Chí Minh truy thu thuế và phạt tiền.
Bị can Tôn Thất Hào và Võ Thành Trung có vai trò giúp sức ông Dũng trong hành vi này.
Bị can Nguyễn Thành Nhân và 5 người khác là lãnh đạo các đơn vị được xác định là “không thực hiện và thực hiện không đầy đủ chức trách, nhiệm vụ được giao” đối với việc kiểm tra, giám sát nguồn gốc số tiền 3.000 tỷ đồng huy động vốn vào Saigon Co.op và hai hợp đồng hợp tác đầu tư nên dẫn đến sai phạm trên.
Ngoài vụ án này, trước đó, Diệp Dũng đã bị tuyên phạt 2 năm tù về tội “Chiếm đoạt tài liệu bí mật nhà nước” theo Điều 337 Bộ luật Hình sự năm 2015, sửa đổi, bổ sung năm 2017 trong vụ án “Cố ý làm lộ bí mật nhà nước, chiếm đoạt tài liệu bí mật nhà nước” được TAND TP Hồ Chí Minh xét xử vào tháng 4/2022.
Saigon Co.op thành lập năm 1989 theo quyết định của UBND TP Hồ Chí Minh với tên gọi Liên hiệp Hợp tác xã (HTX) Mua bán thành phố. Đến năm 1998, đơn vị này đổi tên thành Liên hiệp HTX thương mại TP Hồ Chí Minh với 20 HTX thành viên. Hiện Saigon Co.op có hơn 100 siêu thị (Co.opmart) trên cả nước.
Ông Diệp Dũng làm Chủ tịch HĐQT Saigon Co.op từ tháng 5/2015, đồng thời giữ chức Chủ tịch Công ty Cổ phần Đầu tư và Phát triển Saigon Co.op (công ty con do Saigon Co.op sở hữu 97% vốn điều lệ).
Tháng 2/2020, cơ quan chức năng phát hiện dấu hiệu tăng vốn bất thường của Saigon Co.op. Các HTX thành viên đạt lợi nhuận 5-6 tỷ đồng/năm không góp vốn nhưng nhiều HTX chỉ đạt lợi nhuận từ 24 đến 500 triệu đồng lại góp hàng trăm tỷ đồng. Thậm chí có đơn vị kinh doanh thua lỗ vẫn góp 247 tỷ đồng.
Thành ủy - UBND TP Hồ Chí Minh nhiều lần yêu cầu ông Diệp Dũng (đang là Thành ủy viên) làm việc, nhưng ông Dũng luôn tìm cách né tránh, không hợp tác làm việc. Mặc dù Thanh tra TP Hồ Chí Minh đang thanh tra và yêu cầu Saigon Co.op phải chấp hành Quyết định Thanh tra và tuân thủ các yêu cầu, nhưng ngày 24/7/2020, ông Diệp Dũng vẫn triệu tập và tổ chức Đại hội Thành viên bất thường Saigon Co.op lần một.
Cho rằng có dấu hiệu thực hiện hành vi huy động góp vốn trái pháp luật và thâu tóm ở lần bổ sung vốn điều lệ lên gần 6.800 tỷ đồng, Cơ quan Thanh tra đề nghị UBND thành phố chuyển hồ sơ sang Công an để điều tra.
Xét xử kín vụ cựu Chủ tịch Saigon Co.op Diệp Dũng 
Đề nghị truy tố bị can Diệp Dũng tội Chiếm đoạt tài liệu mật 
Khởi tố, bắt giam ông Diệp Dũng, nguyên Chủ tịch HĐQT Saigon Co.op 
