Cáo trạng của Viện KSND tối cao xác định, ngoài bị can Nguyễn Thị Kim Tiến bị truy tố về tội “Vi phạm quy định về quản lý, sử dụng tài sản Nhà nước gây thất thoát, lãng phí”, 9 bị can còn lại trong đó có bị can Nguyễn Chiến Thắng (cựu Giám đốc Ban Quản lý dự án y tế trọng điểm, Bộ Y tế) và bị can Nguyễn Hữu Tuấn (cựu Phó trưởng Ban phụ trách) bị truy tố về hai tội “Vi phạm quy định về quản lý, sử dụng tài sản Nhà nước gây thất thoát, lãng phí” và “Nhận hối lộ”.
Theo cáo trạng, khi lựa chọn nhà thầu cho 10 gói thầu xây lắp dự án, nếu có người liên hệ thì bị can Tiến sẽ giới thiệu gặp bị can Thắng để trực tiếp trao đổi. Ngược lại, đơn vị nào “xin thầu” thì bị can Thắng sẽ báo cáo bị can Tiến xin ý kiến.
Sau khi hồ sơ mời thầu gói thầu mang ký hiệu XDBM-01 ở Dự án Bệnh viện Bạch Mai cơ sở 2 được phát hành, có 9 đơn vị mua hồ sơ nhưng chỉ 3 nhà thầu nộp hồ sơ đề xuất. Căn cứ kết quả đánh giá hồ sơ đề xuất kỹ thuật thì chỉ có Liên danh Tổng Công ty 36 - Tổng Công ty 319 - Tổng Công ty Thành An được đánh giá đạt về năng lực và kinh nghiệm với điểm kỹ thuật đạt 902/1.000 điểm. Liên danh này cũng đáp ứng điểm yêu cầu tối thiểu các nội dung.
Sau đó, liên danh này mở hồ sơ đề xuất tài chính và được trúng thầu với giá dự thầu là 2.189 tỷ đồng. Đến ngày 31/12/2024, Ban Quản lý dự án y tế trọng điểm đã tạm ứng, thanh toán cho các nhà thầu hơn 1.900 tỷ đồng.
Quá trình thực hiện hợp đồng, sau mỗi lần được tạm ứng, thanh toán, các nhà thầu đã chi cho bị can Thắng số tiền tương ứng với tỷ lệ 5% giá trị trước thuế, tổng 37,8 tỷ đồng. Sau khi bị can Thắng nghỉ hưu, bị can Tuấn đảm nhiệm cương vị Phó Giám đốc phụ trách Ban Quản lý dự án y tế trọng điểm và tiếp tục nhận số tiền tương ứng 5%, tổng 4,5 tỷ đồng.
Ngoài ra, cơ quan tố tụng còn xác định, có các liên danh khác đã chi 5% tiền tạm ứng và được trúng thầu gồm: Tổng Công ty Xây dựng Hà Nội - Công ty Hồng Hà Việt Nam, VNPT - CIDTT, Công ty Furtech - Công ty Xuân Hòa, Công ty Phú Hưng - Công ty cổ phần nội thất 190, Công ty Thành Đạt, Vinaconex 25, Công ty AIC, Công ty Mopha.
Các nhà thầu trên đã triển khai khối lượng công việc theo hợp đồng đã ký hoặc yêu cầu từ chủ đầu tư. Tuy nhiên, các hạng mục thầu hiện chưa được nghiệm thu, thanh toán đầy đủ khối lượng công việc đã hoàn thành. Các doanh nghiệp bởi thế bị thiệt hại do phải chi trả lãi ngân hàng, bảo trì, bảo hành, bảo lãnh ngân hàng.
Ngoài ra, các nhà thầu đưa tiền cho hai bị can Thắng và Tuấn bằng tiền mặt sau khi trúng thầu, nhưng không có hóa đơn, chứng từ, không lấy từ nguồn tiền tạm ứng nên không có căn cứ đánh giá số tiền này là hậu quả thiệt hại. Hiện, các nhà thầu đang phối hợp với chủ đầu tư để tập trung tối đa nguồn lực đưa hai dự án xây dựng Bệnh viện Bạch Mai cơ sở 2 và Bệnh viện Hữu nghị Việt Đức cơ sở 2 vào sử dụng.
Trong các nhà thầu trên, Cơ quan Cảnh sát điều tra Bộ Công an đã thu thập tài liệu liên quan đến các doanh nghiệp thuộc Bộ Quốc phòng gồm: Tổng Công ty 36, Tổng Công ty 319, Tổng Công ty Thành An và Công ty cổ phần Armephaco. Cơ quan Cảnh sát điều tra Bộ Công an đã tách hành vi, tài liệu liên quan đến 4 doanh nghiệp của Bộ Quốc phòng và chuyển hồ sơ đến Cơ quan điều tra hình sự Bộ Quốc phòng để điều tra, xử lý theo quy định.
Quá trình điều tra, hai bị can Thắng và Tuấn khai, đã nhận hơn 100 tỷ đồng của các nhà thầu, sau đó nhiều lần đưa cho bị can Tiến tổng số tiền hơn 20 tỷ đồng. Tuy nhiên, bị can Tiến khai, chỉ nhận của bị can Thắng 2,5 tỷ đồng và nhận của bị can Tuấn 5 tỷ đồng. Tuy nhiên đến nay, bị can Tiến đã nộp 14,5 tỷ đồng để khắc phục hậu quả.
Cựu Bộ trưởng Nguyễn Thị Kim Tiến đã khắc phục bao nhiêu tiền trong vụ án? 
Cựu Bộ trưởng Nguyễn Thị Kim Tiến chỉ định thầu trái quy định gây thất thoát hơn 70 tỷ đồng 
