Cáo trạng xác định, bị can Tô Anh Dũng (cựu Thứ trưởng Bộ Ngoại giao) được xác định đã 37 lần nhận hối lộ với tổng số tiền 21,5 tỷ đồng. Bị can Vũ Hồng Nam (cựu Thứ trưởng Bộ Ngoại giao) 2 lần nhận hối lộ số tiền gần 2 tỷ đồng.
Bị can Nguyễn Thị Hương Lan (cựu Cục trưởng Cục Lãnh sự, Bộ Ngoại giao) nhận hối lộ 32 lần với tổng số hơn 25 tỷ đồng. Bị can Phạm Trung Kiên (cựu Thư ký Thứ trưởng Bộ Y tế) nhận hối lộ 253 lần với tổng số hơn 42,6 tỷ đồng.
Bị can Chử Xuân Dũng, cựu Phó Chủ tịch UBND TP Hà Nội nhận hối lộ 7 lần với số tiền hơn 2 tỷ đồng. Bị can Trần Văn Tân (cựu Phó Chủ tịch UBND tỉnh Quảng Nam) nhận hối lộ 9 lần với số tiền 5 tỷ đồng. Bị can Nguyễn Quang Linh (cựu Trợ lý của Phó Thủ tướng Chính phủ) nhận hối lộ 5 lần với số tiền hơn 4,2 tỷ đồng...
Cùng bị truy tố về tội nhận hối lộ là một số đại sứ, cán bộ ngoại giao làm việc tại Nhật Bản, Malaysia, Nga, Angola.
Theo cáo trạng, từ tháng 4/2020 đến tháng 1/2022, Cục Lãnh sự (Bộ Ngoại giao) đã tập hợp, đề xuất lãnh đạo Chính phủ phê duyệt tổ chức thực hiện 772 chuyến bay đưa công dân từ nước ngoài về nước, trong đó có 400 chuyến bay giải cứu và 372 chuyến bay combo.
Quá trình cấp phép các chuyến bay, công dân tự trả phí, một số cán bộ có nhiệm vụ, quyền hạn tại Bộ Ngoại giao đã tạo thành nhóm lợi ích, đưa ra nhiều yêu cầu, gây khó khăn khiến các doanh nghiệp phải tìm cách tiếp xúc, gặp gỡ, thỏa thuận và ra giá chung chi cho mỗi chuyến bay giải cứu.
Bị can Tô Anh Dũng, với chức vụ là Thứ trưởng Bộ Ngoại giao, trực tiếp chỉ đạo, phê duyệt kế hoạch tổ chức chuyến bay theo đề xuất của Cục Lãnh sự khi xin ý kiến của tổ công tác có 5 bộ gồm: Bộ Ngoại giao, Bộ Y tế, Bộ Công an, Bộ Quốc phòng và Bộ Giao thông Vận tải.
Biết được vai trò của bị can Tô Anh Dũng, 13 cá nhân đại diện doanh nghiệp đã tìm cách tiếp cận, móc nối, đặt vấn đề để bị can Tô Anh Dũng giải quyết các thủ tục liên quan đến cấp phép “chuyến bay giải cứu” đưa công dân về nước khi xảy ra dịch COVID-19.
Trong các lần gặp nhau đầu tiên, bị can Tô Anh Dũng đã đồng ý với các doanh nghiệp về việc sẽ hỗ trợ, chỉ đạo cán bộ cấp dưới tại Cục Lãnh sự làm thủ tục, giúp xin cấp phép, tổ chức chuyến bay combo.
Bị can Tô Anh Dũng và đại diện 13 doanh nghiệp dù không thỏa thuận về số tiền sẽ phải chung chi, nhưng cả hai bên đều hiểu việc doanh nghiệp được tham gia tổ chức chuyến bay sẽ có lợi nhuận.
Tháng 5/2020, tại phòng làm việc của mình, bị can Tô Anh Dũng và bị can Hoàng Diệu Mơ (Tổng giám đốc Công ty TNHH thương mại du lịch và dịch vụ hàng không An Bình) đã giới thiệu công ty của bị can Mơ với Hãng Hàng không Vietnam Airlines để tổ chức chuyến bay combo.
Sau đó, bị can Tô Anh Dũng đã 8 lần nhận hối lộ của bị can Hoàng Diệu Mơ tổng số tiền 8,5 tỷ đồng. Trong đó 6 lần bị can Tô Anh Dũng nhận tiền tại phòng làm việc và 2 lần nhận tiền ở gần cổng trụ sở Bộ Ngoại giao.
Ngoài ra, 29 lần khác, bị can Tô Anh Dũng nhận tiền của các doanh nghiệp trong vụ “chuyến bay giải cứu” cũng diễn ra tại phòng làm việc của mình, ngoài quán cà phê hoặc nhà hàng.
Đối với bị can Nguyễn Quang Linh, cáo trạng xác định, khi đảm nhiệm vị trí công tác là Trợ lý của Phó Thủ tướng Chính phủ, có nhiệm vụ tham mưu, đề xuất phê duyệt chuyến bay cho cơ quan, tổ chức.
Tuy nhiên, trong quá trình thực hiện công vụ, bị can Nguyễn Quang Linh đã lợi dụng vị trí công tác giúp Công ty Lữ Hành Việt, Công ty ATA, Investco được phê duyệt nhiều chuyến bay giải cứu khi chưa có sự thống nhất, đề xuất của tổ công tác gồm 5 bộ.
Trên cương vị công tác, bị can Nguyễn Quang Linh đã giúp các công ty trên được phê duyệt gần 30 chuyến bay giải cứu, chuyến bay combo trong thời điểm dịch COVID-19. Kết quả điều tra xác định, ông Nguyễn Quang Linh đã nhận hối lộ của Công ty Lữ Hành Việt và bị can Nguyễn Mai Anh tổng số tiền 180.000 USD và 100 triệu đồng, tương đương hơn 4,2 tỷ đồng.
Bị can Nguyễn Anh Tuấn nhận 42,8 tỉ để “chạy án” trong vụ “chuyến bay giải cứu” 
Thứ trưởng Bộ Ngoại giao Tô Anh Dũng nhận hối lộ 21,5 tỷ đồng trong vụ "chuyến bay giải cứu" 
