Theo CIA, vào tháng 6-2011, sau khi Osama bin Laden chết, Zawahiri trở thành nhân vật số 1, đương nhiên kế vị Bin Laden để lãnh đạo tổ chức khủng bố Al - Qaeda, tiếp tục cuộc thánh chiến. Từ đó đến nay, nhiều cuộc đánh bom tự sát hay tấn công vào các cơ quan của Mỹ ở nước ngoài đã xảy ra, theo Zawahiri, là để trả thù việc CIA bắn chết Bin Laden. Ông kêu gọi hãy tổ chức bắt cóc như đã từng bắt cóc một nhân viên Mỹ gốc Do Thái hoạt động trong lĩnh vực cứu trợ tại
Nay 71 tuổi, hiện Weinstein vẫn bị Al-Qaeda giam giữ tại một nơi bí mật nào đó ở vùng biên giới
"Lạy Thánh Allah" -Zawahiri nói trong thông điệp mới - "Hãy giúp chúng con chiến thắng kẻ thù. Hãy giúp chúng con thực hiện Luật Sharia Hồi giáo trên khắp thế giới để chống lại kẻ thù phương Tây".
Trong thông điệp, Zawahiri cũng kêu gọi tấn công vào các sứ quán của "dị giáo" Israel tại Trung Đông, nhất là ở Ai Cập - nơi mà theo Zawahiri, Thánh Allah "đã gửi Mohamed Morsi về làm tổng thống". Cuối lời kêu gọi, Zawahirir gửi lời xin lỗi đến giáo sĩ mù Abdel-Rahman (một thành viên người Ai Cập chống Mỹ cực đoan và là một trong các sáng lập viên tổ chức khủng bố Al-Qaeda, năm 1995 đã bị Tòa án Mỹ ở Bắc Carolina xử án tù chung thân vắng mặt vì tổ chức tấn công nước Mỹ) vì điều mà Zawahiri cho rằng "mình chưa làm tốt nhiệm vụ trả thù cho Bin Laden trong những chiến dịch chống Mỹ và người phương Tây".
Zawahiri là một trong những trùm khủng bố Al - Qaeda đã bị CIA và FBI đưa hình ảnh và lý lịch tóm tắt lên mạng Internet để truy nã với số tiền thưởng là 25 triệu USD. Theo CIA, hiện nay Zawahiri lãnh đạo và điều khiển toàn diện tổ chức khủng bố này và đang sống ẩn náu tại một bộ tộc vùng biên giới
CIA đã chính thức buộc tội hắn chỉ đạo hai vụ đánh bom tự sát vào Sứ quán Mỹ ở