Roland Jacques đã bỏ ra hàng chục năm để nghiên cứu vấn đề này và đến cuối năm 1995, ông đã công bố chuyên luận Công trình của một số nhà tiên phong Bồ Đào Nha trong lĩnh vực ngôn ngữ học Việt Nam cho đến năm 1650. Đến năm 2002, công trình được tái bản có bổ sung bằng song ngữ Pháp - Anh.
Sau nhiều năm tìm kiếm trong hàng vạn trang viết về Đàng Trong ở thế kỷ 17 - 18 còn được lưu trữ tại Thư viện hoàng gia của Cung điện Ajuda ở thủ đô Lisbonne (Bồ Đào Nha), ông may mắn phát hiện được một bức thư viết dở dài 7 trang của giáo sĩ Francisco de Pina vào đầu năm 1623 gửi cho Khâm sai Jéromino Rodriquez ở Macao, báo cáo về công việc truyền giáo và Latinh hoá tiếng Việt.
Giáo sĩ Francisco de Pina đến Đàng Trong vào đầu năm 1617, đặt chân đầu tiên ở Đà Nẵng, sau đó vào giữa năm này đến truyền đạo ở cảng thị Hội An. Đầu năm 1618, ông chuyển đến Nước Mặn, Quy Nhơn. Đến đầu năm 1621 ông quay lại truyền đạo ở Hội An cho đến đầu năm 1625. Giáo sĩ A.de Rhodes đến Hội An vào cuối năm 1624 và học tiếng Việt với ông tại đây.
Đầu năm 1625, F.de Pina làm Cha bề trên ở Dinh trấn Thanh Chiêm mà A.de Rhodes là cấp dưới. Tiếp đó, ông thay mặt Giáo đoàn Đàng Trong ra Phủ Chúa yết kiến Chúa Sãi Nguyễn Phúc Nguyên về vấn đề truyền đạo, mang theo A.de Rhodes để dạy tiếng Việt. Ông bị tai nạn lật thuyền và mất ngày 15/12/1625 khi thay mặt các giáo sĩ ra một chiếc tàu đậu ở ngoài khơi Hội An để nhận hàng tiếp tế của Macao.
Trong bức thư viết vào đầu năm 1623 nói trên, Francisco de Pina đã viết: “Về phần tôi, tôi đã biên soạn một chuyên luận nhỏ về từ vựng và các thanh của ngôn ngữ này (tức tiếng Việt) và tôi đang bắt tay viết về ngữ pháp. Tuy nhiên, tôi cũng đã tập hợp được những cổ tích, thuộc nhiều loại khác nhau nhằm cung cấp các trích dẫn của các tác giả để xác minh nghĩa của các từ và các quy tắc của ngữ pháp, cho đến nay tôi có thể yêu cầu một người nào đó đọc để tôi phiên dịch sang các chữ Bồ Đào Nha (tức chữ La tinh)... Ngoài ra, tôi đã có ba bốn cuốn tập hợp các bài viết có lý luận trong số các bài viết hay nhất mà tôi tìm thấy được ở Vương quốc này”.
Những điều Francisco de Pina đã viết trước khi Alexandre de Rhodes đến Đàng Trong một năm, cho thấy ông đã tiến hành việc Latinh hoá tiếng Việt chậm nhất là vào năm 1622, và đã tạo ra những cuốn sách viết bằng chữ Quốc ngữ sớm hơn bất kỳ một giáo sĩ Phương Tây nào đến Đàng Trong lẫn Đàng Ngoài.
Về vấn đề này, Roland Jacques đã có ý kiến: “Một sự hiểu biết sơ đẳng tiếng Bồ Đào Nha cho phép xác định rằng những nguyên tắc của hệ thống ghi âm của ngôn ngữ Bồ Đào Nha đã được vận dụng chủ yếu trong việc ghi âm phức tạp của tiếng Việt...”.
Như vậy, sự ra đời của chữ Quốc ngữ là kết quả của cuộc gặp gỡ lịch sử giữa ngôn ngữ Việt Nam và ngôn ngữ Bồ Đào Nha, và giáo sĩ Bồ Đào Nha Francisco de Pina là nhà tiên phong trong phát minh chữ Quốc ngữ.
Sau khi người Thầy Francisco de Pina qua đời, các công trình Latinh hoá tiếng Việt đầu tiên của ông đã vào tay người học trò Alexandre de Rhodes và ông này đã mang theo khi ra Đàng ngoài năm 1627.
Alexandre de Rhodes đã được giáo sĩ Bồ đào Nha Gaspar do Amral trao cho cuốn Từ điển Việt - Bồ do ông biên soạn tại Macao vào mùa đông 1645. Sau đó giáo sĩ này đã bị chết trong một vụ đắm tàu ngày 23/12/1645 trên đường đến Đàng ngoài.
Alexandre de Rhodes cũng đã được giáo sĩ Bồ Đào Nha Antonio Barbosa trao cho cuốn Từ điển Bồ - Việt tại Macao cũng vào khoảng thời gian khi ông này bị bệnh và sau đó đã qua đời tại Toà thánh Goa ở ấn Độ năm 1647.
Nhờ những công trình Latinh hoá tiếng Việt có sẵn của các đồng nghiệp nói trên, Alexandre de Rhodes về sau đã bổ sung thêm một ít tư liệu của mình để biên soạn cuốn Từ điển An Nam - Bồ Đào Nha - Latinh được Vatican xuất bản năm 1651.
Khi đọc lời “Cùng bạn đọc” của cuốn từ điển đó, do chính Alexandre de Rhodes viết, người ta đều cho rằng ông không phải là người đi đầu trong phát minh chữ Quốc Ngữ. Ông đã viết: “Ngay từ đầu, tôi đã học với Cha Francisco de Pina là người thầy dạy tiếng, người thứ nhất trong chúng tôi rất am tường tiếng này và cũng là người thứ nhất bắt đầu giảng thuyết bằng phương ngữ đó mà không cần phiên dịch. Tôi cũng sử dụng những công trình của nhiều Cha khác cùng một hội dòng, nhất là Cha Gaspan do Amaral và Cha Antonio Barbosa. Cả hai ông đều đã biên soạn mỗi ông một cuốn từ điển, ông trước bắt đầu bằng tiếng An Nam, ông sau bằng tiếng Bồ, nhưng cả hai ông đều chết sớm. Sử dụng công khí của hai ông, tôi còn thêm tiếng Latinh theo lệnh các Hồng y đáng tôn kính...”.
Bởi vậy, ngày nay, chúng ta chỉ nên khẳng định Alexandre de Rhodes là người có công hệ thống hoá, chỉnh lý và phổ biến chữ Quốc ngữ mà thôi.
Về việc người Việt có tham gia trong sự phát minh chữ Quốc ngữ, theo Roland Jacques gồm hai nhóm: thứ nhất là giới trí thức gồm có các thầy đồ, sư sãi, các trưởng tông phái (đạo Lão, đạo Khổng...), quan lại hưu trí và sĩ tử là những người giỏi tiếng mẹ đẻ, am hiểu nền văn hoá dân tộc. Nhóm thứ hai gồm các phiên dịch là thanh niên giáo dân biết tiếng Bồ Đào Nha, La tinh giúp giáo sĩ truyền đạo. Và số người Việt này phải đông hơn gấp nhiều lần sơ với các giáo sĩ.
Các phiên dịch nhờ học được tiếng Bồ Đào Nha, Latinh nên có khả năng đóng góp thực sự trong việc phiên âm tiếng Việt bằng bộ chữ cái mà nó dẫn tới chữ Quốc ngữ.
Ngày nay, các nhà ngôn ngữ học hiểu rất rõ nếu các giáo sĩ phương Tây không được sự hợp tác của người Việt thì không thể Latinh hoá tiếng Việt được. Bởi vậy Roland Jacques đã viết : “Chính cả Pina và các đồng nghiệp đã tập hợp được những người hợp tác có chất lượng mà nếu không có họ, mọi công trình ngôn ngữ học nghiêm túc sẽ không thể có được”. Và ông đề nghị: “ Cần thiết phải đặt đứng vị trí việc làm của cá nhân Alexandre de Rhodes trong một công trình tập thể mà ông chỉ là một trong số nghệ nhân cư yếu, trong đó người Bồ Đào Nha và những người cạnh tranh ngang hàng Việt Nam của họ đã giữ vai trò hàng đầu”
